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    恽氏治医正值辛亥革命前后中西医之争至为激烈的年代，西医界激进的人士要排斥中医、废止中医，或主张废医存药，改造中医。中医界的保守者则高呼中医药有数千年历史，要保存国粹。恽氏独抒已见，大声疾呼，力挽狂澜，谓“居今日而言医学改革，必须与西洋医学相周旋，所谓与西洋医学相周旋，初非舍已以人之谓，假使中医有演讲之价值，必须吸收西医之长与文化合以产生‘新中医’，是今后中医必循之道。”这充分反映了恽氏对待祖国医学的科学态度。他主张“兴废继绝”，但反对“抱残守阙”，他提倡“发皇古义，融会新知”，对祖国医学抱有强烈的革新愿望。
    恽氏认为祖国医学是东方文化精粹的一部分，有其独特的理论体系。特别对《内经》、《伤寒论》等经典著作，有更深研究，指出要继承发扬祖国医学必须具备三个条件，其一是古文学的根基；其二是西洋医学的知识；三是临床实践的经验。他的学术思想正是三者结合而成的。下列四端，可以反映其特点。
    第一，全局观点，从整体观点看问题。他的治学态度不是就事论事，就文论文，崦是从无事、无文处着眼，辩证论治，分析症情。不是见热象就用寒凉，见里实便予攻泻，而是全面分析，从整体出发。他常把弈棋作为诊病用药的比喻，要有全局观点。因此，反映在“辨证论治”中，他常能抓住要害，从全局出发下结论。
    第二，分析表面现象，探索动向，从本质上看问题。这就是恽氏畅发的《内经》“形能”学说。他认为察外形以知内变，从现象以求本质，是《内经》的精义所在。正常生理现象有生理的“形能”，患病以后则有病理的“形能”，内部看不到的病理活动是“病能”，外部表现出来的临床证象是“病形”，从“病形”推测“病能”，即是《内经》的“形能”学说。由于恽氏悉心在这方面观察研究，所以在诊断疾病，估计发展预后，都能言必中的，洞见征结。由于他不是依靠症候群的罗列，而是从“形能”的理论去认识症候的本质，所以他常能在复杂的症候群中“见微知著”，“履霜坚冰”。在治疗中能“防微杜渐”，“曲突徙薪”。
    第三，重视调动机体抗病之势，恽氏所谓“顺自然”，这种观点随处反映在恽氏著作中。他说:“凡属症状，皆体工救护作用。例如咳嗽，本体工自然的反射动作，所以救护气道者。谓咳嗽是病。其实风寒入肺，咳以祛之，咳何尝是病。若风寒入肺，竟不能咳，乃真病矣。”所以，他主张用“定肺心风”之法，因这是顺体工自然抗病，是正确的治疗方法；若“润肺止咳”，乃逆体工的抗病趋势，便完全错误了。仲景《伤寒论·太阳病》曾三申五令地说，表邪未罢，不可攻下。恽氏亦认为这是体工救护作用在表，只能用表药。若阳明府证里实，则抗病之势集里，便当用攻下。这就是“因势利导”，“顺自然”的治疗。如果表证用下法，里证用表法，便是逆治，就与抗病之势相违了。这样就造成“药误”和“坏病”，纠正这些病情，就要“拨乱反正”，让“病邪”仍按体工正常自然的作用来排除。
    第四，重视气候、时令等自然条件、环境因素与疾病的关系。这种思想蓝本于《内经》“天人合一”的学说，恽氏则更予发挥。他说: “《内经》以四时为本，全书皆以四时为说。”又说: “《内经》全书以‘善言天者，必有验于人’为前提。”又说: “阴阳五行是用来说明人体与自然界气化的关系。”凡此，都是强调“人与自然”的重要关系。他对温病学说，亦以四时的概念来认识疾病。他说: “热病，发热之病也。春主风，夏主热，长夏主暑湿，秋主燥，冬主寒，是六气配四时之大略。因时定名，冬之热病谓之‘伤寒’；  春之热病谓之‘风温’；  夏至前之热病谓之‘温病’；  夏至后之热病谓之‘暑温’；  夏秋之交溽暑，其时以湿胜，当此之时患热病则为‘湿温’；  八、九月燥气主令，其时热病多半因于夏日受凉，‘长气’无以应秋之‘收气’，因而病热则为‘伏暑’。此为根据四时以定病名之大纲。但日月五星之运行有岁差，其气候不能整齐划一，故有至而未、未至而至之不同。如此则春之时亦有‘伤寒’，至而未至也。冬之时亦有‘温病’，未至而至也。因此，其病的变化遂不可究诘，但仔细考察，无论如何变化，竟不能逾此大纲。”恽氏这段论述，指出温病的外因，由于时令之不同，致病因子之不同(指风、寒、暑、湿、燥、火六淫)而所致的热病就不一样，这就是他分析疾病重视自然环境影响人体的典型例子。