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    恽氏在临床治疗方面，有很多独特见解和经验，这里举几个病种为例，作简略介绍。
一、从形能推考痨瘵的病机
    恽氏认为一般初病咳嗽吐血，不以为痨，必待初期证状已过，见潮热掌热，然后谓之痨病，这就说明古人从形能立论定名，因此，他对肺痨病从形能推考，观察到肺的健全与否，关系于肾，体会到古人乙癸同源、金水相生的义表。他提出由肺病肾谓之痨，由肾病肺谓之瘵两大类。由肺病肾，大多由于吐血。所以导致吐血，有三个原因:其一，由于风咳嗽久不愈，气血受伤，或由药误或由误补；其二，由于举重伤力，剧烈运动，损伤肺络；其三，由于盛怒伤气，肝胆上逆，大吐血，肺阴受伤，痰中夹血。这三种，治不如法，渐成肺痨，从肺脏本身而起。指出第一种吐血，以荆芥、防风、象贝、杏仁等疏泄风邪；  以茜根炭、藕节等止血；  若风邪郁肺化热的，同时以黄芩、款冬等等。第二种吐血，轻者以七厘散，重者以地鳖虫、紫金丹止血去伤。第三种，特效药是花蕊，平时以茜根炭、地榆炭、仙鹤草、五胆药墨、三七等为副药。失治误治，病渐及肾，初见腰酸、遗精、阳萎等等，进而肩耸背驼，头渐前倾，面色（白光）白，形寒，自汗，臂酸，甚则指头作胀，这种病候，主治在肺，而兼治在肾，多宗保和汤之类。由肾病及肺的，首先由于肾虚，有三个因素:其一，由于房劳，男女皆同；其二，由于勉强操作，不知摄养；其三，从遗传来，由于先天不足。这三种酿成痨瘵，病本在肾，而后及肺，主治在肾，而兼治在肺，多宗补中地黄丸、菟丝子丸等等。始见阴虚而咳，以紫苑、麦冬、沙参为主；骨蒸以桑皮、地骨皮为主；气喘的以蛤蚧为主；自汗，盗汗的以獭肝散为主，随症加以副药。虽然，对这个病型提出治法，但难期痊愈，同时不知保养摄生者多死，其由先天不足遗传来的，虽卢扁无能为力。
    总结恽氏治疗痨瘵，除以肺肾为主外，健脾胃也是一个重要环节，培土生金之法，有正确而重要的意义。更指出《沈氏尊生书》中所列之方可法，葛可久《十药神书》之方最妙。一般都结合补气补血为法，但药治是利用机体的自然反应，药物非能于体内无者加以补益，以故痨瘵的治疗，方药不在乎多。又慢性病不象热病多变化，所以既辨明了证状，掌握了适当的方剂，不能常常更换，即有出入，也不过几味，有服药七八剂，然后略见微效的，有须二三十帖才能见效的，药不对证，固然不对，药不及效，半途更张，也是错误的。
二、明证用附子的辨证
    恽氏对附子的运用有很多的理论，这里总结他在阴证病机用附子的经验。他认为用附子难在于辨证正确和掌握时机。因此，他提出阳证与阴证的鉴别，明确阴证、阳证的标准，例如阳证出汗，肌肤必热，阴证出汗，肌肤则凉；阳证厥逆，初见指尖凉，人王部必隐青，面赤而亮；  阴证四逆，手腕背冷，初不面赤，戴阳乃赤，人王部不隐青，头必汗出；阳证烦躁，面赤、知红绛、汗多、渴饮、脉滑；阴证烦躁，郑声无力、肢凉、脉沉微；这是阴证、阳证辨别要点。当阴证阳证昏杂互见的时候，更指出以阴证为重，认为戴北山“通体见有余，一处见不足，从阴证治爱体见不足，一处见有余，从阳证治”之语最扼要。病人见肌肤津润、郑声、蜷卧、额凉、肢冷、其脉迟缓沉软，都是阴证，即使同时见目赤、舌焦等等，切不可误认为阳证，这是阴证紧要关头。
    阴证还有一特征，一自利完谷，所下如其所食，绝不消化，杂以黑水，俗名漏底，急用附子，药后能得酣眠，全身有阳和之气，膀胱气化得行，小溲奇长，漏即止，此在生理形能上，也属于伸此绌彼之理。同时指出，得附子回阳之后，若见舌干、恶热、面赤、谵语、数日甚至十余日不大便，漏底之阴证，一变而为府实之阳证，谓之“中阴溜府”。盖阴证用附子，所以引病以阴转阳，阴为脏，阳为府，故曰“中阴溜府”，此种府证，有可用黄龙汤下的，有宜半硫丸通下的。
    此外，恽氏在少阴证理中、四逆辈一般挈证之外，更在色脉方面指出阴证垂危特征，为急用附子的依据。如:
    1.辨脉: “脉硬有汗”是特征。脉紧无汗，为寒邪在表，属太阳证；脉紧甚理而反汗出，乃少阴亡阳危证(少阴证一般脉微沉细，若脉紧而硬，病更危重)。
    2.辨舌: “舌色干枯”是特征。舌色干枯如荔枝壳，色紫棕，如劫津状，为肾阳不能上承，不同于阳证热盛津液受劫的舌色干绛，参合证状，可断为阴证。
    3.辨证: “肌肤津润”是特征。舌苔劫津，同时并见四肢冷，头汗见，肌肤津润，为阴证。阳证劫津，肌肤干燥无汗；阴证劫津、肌肤津润汗出，明显可辨。
    恽氏认为伤寒少阴证，附子固然可以挽回，然限于脉不乱，面部不肿，气不急，头汗未至发润之候。此四种有其一，即属难治，有其二，便属不治。所以然者，以附子温肾回阳，振奋分泌，必须内在的活力不竭，然后有通假挹注之可能，以上四者，见其二，即是“活力”已竭之证，人力不能回天。因此，他在临床上特别注意亡阳的病机，指出由浅渐深有四步:最初，手腕之背面与手背先冷；进而汗出手腕肤凉，全手皆冷；再进四逆，手冷过肘，足冷过膝；最后，体温外散，肌肤冷，溴汗出。在第一步，为亡阳之机兆，第二步，为亡阳之的证，用附子最有疗效；第三步，亡阳已临危机，急进附子，犹可望机转；若入第四步，则用附子的时机已失，难望挽回了。
三、治疗麻疹的经验
    恽氏对于麻疹的治疗，可以说完全是运用伤寒的理、法、方、药，病宜表散，宗《伤寒论》之法，病忌攻下，守《伤寒论》之禁。首先提出麻疹的病理，只病三阳。麻疹的治疗，主要宜透发。总的概念是:认为邪机始于肺胃，以宣肺、发表、解肌、透疹为治疗的根本原则。基本法则有三个步骤:初期宣肺解表，中期解肌透疹，后期养阴清化；这三个步骤，可以说是一定的规律。他强调治疗必须顺机体抗病的本能，因势利导。麻疹透发以疹点稠密于面部，尤以两颊及鼻准人王部畅透红润为顺利，这是邪毒出于阳分、表分，为顺证、轻证；假使面部疹点不见，甚至面白，为邪机内，隐和将引起肺炎等并发症，为重证、逆证。只要认清这个形势，治疗不失其机，病无不有愈的。他又认为麻疹的顺证、轻证，赖人体自然抗病本能，不药也可自愈，用医药就在乎重证而使之轻，逆证而使之顺。因此，主重“因势利导”“拨乱反正”八个字。人体抗病趋势向外，助其透外，就是“因势利导”；邪机不达表而内陷，使之达表，就是“拨乱反正”。恽氏坚决反对二事:一为用保赤散类泻药，一为用石斛养阴，认为是违反病机形势，与生理抗病本能为难。在他所著的《保赤新书》中说，很多病家，以意会之，抱定小儿病不外风寒食积，妄用保赤散等一类泻药，犯《伤寒论》太阳病误下之禁；  见热盛，惟恐起惊，以牛黄丸等一类有麝香的惊药预防惊风，引热入脑，认为都是盲人骑瞎马，夜半临深池，非常危险的。还有早用石斛则甘凉抑遏邪机，疹不得透发，就发生种种恶候而不可收拾，指出麻疹有未尽透达而病邪燥热，有见舌干津伤者，却宜鲜生地，生地能清血中亢热，增加血中津液，似与石斛相类而实际不同。
    恽氏分析麻疹初期有三个逆证:气急鼻扇、面白唇燥、大便泄泻。气急鼻扇为邪毒蕴于肺，气道呼吸不利，当帮助肺脏驱逐风寒，无汗的宜麻黄发燥，有汗的用荆芥、防风、葛根等疏散，并用杏仁、象贝母、桑叶等副药以宣肺。面白唇表，为热向内攻，邪毒聚于阳明，因表闭无汗，热不得出，还是无汗用麻黄发汗，有汗用葛根解肌，舌红加黄芩，口渴、汗多、烦躁加石膏。大便泄泻为邪机下陷，疹点就不见，或见得很少，疹点已经见的，就会忽然没有，病必剧变，须先辨寒热，若是热泻，舌色必红绛而干糙，粪必甚臭，其色老黄，以葛根为主；  若是寒泻，以炮姜为主，还得用透表的葛根副药，最好加柴胡，既能解肌退热，又能升举下陷。
    此外，他常用无价散以透疹，每次用0.3g～0.15g之间；  芫荽菜泡汤外熨人王部，使面部红润，为稳妥有效的外治方法。
四、小儿一般惊风的治疗
    恽氏认为小儿一般惊风，内因于停积，外因于风寒、惊怖，单丝不成线，必三者为缘乃能致病。病的重心在于胃热，肝胆亦热，热则上行，炎症及于头脑。因此小儿热病当汗当清，悉从伤寒温病之法，千万不要存一个预防起惊的成见，而妄用治惊的香药，即使因高热有惊风预兆的，亦以清热降火为主，以消导食积为辅，不使邪热上炎入脑，可以防患未然。他说:“热病实则传阳明，虚则传少阴，若小儿热病，惟恐起惊而妄投惊药，病的转变就换了一条途径，直向神经系而为惊。误汗致痉，在《伤寒论》已经明白指出，误用香药而致痉，则仲景所没有说过。”他从实践中观察到这一个病机，是惊风之成因，所以他坚决反对小儿热病不从伤寒温病之治法，而仅仅于防惊治惊而用香药，认为是平白地引狼入室。
    小儿一般惊风将作，有前兆症状，可以从患者的唇舌、手指、眼睛及人王部的色候观察出来，由浅入深，可归纳为下列四类:
    1.唇常动，舌尖常舐唇，唇舌干绛，面色青，手指冷，啼哭无泪，目光异常。
    2.手指有力，食指与拇指相附着作交叉式，握拳，拇指出于中指之间，尤非佳兆。
    3.眼白发红，有红筋出现于巩膜。
    4.人王部(面部中央，鼻准两旁)隐青色与指尖冷往往同时并见。
    小儿发热出现以上症状，为将作惊风之前兆，急宜发汗解肌、清热凉血，用葛根芩连汤之属合薄荷、芦根、生地等，无汗的，亦可用麻黄，汗出热解，可以弭患无形。若不以解热清透为法，热灼神经，在内肝、胃、大小肠以及腺体皆起变化，进而证见面青或赤、唇燥、指头凉、手指闰动、握拳有力、目光转动不灵、多啼、或迷睡、泄泻青粪，为惊风将成之候，在上述方中加酒炒龙胆草0.5g、0.9g以泻肝胆之热，可以免致燎原之祸。用龙胆草，须与当归身、生地养血药同用，无汗者亦不忌麻黄。
    若邪热炽盛，热灼神经，上燔入脑，证见手足抽搐，眼皮、口唇皆牵动，阵阵发作，目上视或歧视，或直视不能瞬，颈项强，或项反折，或角弓反张，此惊风已成，恽氏主张以息风镇痉的虫类药如僵蚕、蕲蛇、全蝎、蜈蚣等为主，但指出这些药只能用于惊风已成之顷。他更阐明药治的理论，虫类弛缓，能制止抽搐、痉挛、撮口、直视等惊风证状，蜈蚣为最猛悍，全蝎次之，有用全蝎尾不能制止之风，用蜈蚣则无有不止的。惊风以撮口为最酷烈，非蜈蚣不能取效，寻常抽搐，全蝎足够制之，蜈蚣息风，中病即止，不可多用。又指出虫类治惊，有燥血之弊，所以同时必须配合当归、生地等养血药，所谓治风必兼养血，都是经验之谈。
    要之，恽氏认为由于风寒化热与食积、惊怖为缘所导致的一般惊风，以解表、清热、消导合用，故麻、葛不妨用，而大黄、芒硝不可轻投，羚羊(脑膜炎惊风不在此禁例)亦为禁忌，盖峻剂攻下，须防内陷，羚羊泻肝，诛伐无罪，虽能止抽搐，但病儿迷睡无神，后遗症不良。此外，恽氏更分析惊风恶候，如摇头、鱼口、解颅，以及对脑膜炎惊风的鉴别等等，俱详所著《保赤新书》、《神经系病理治疗》等书中。在晚年放罗氏牛黄丸之制，自制“安脑丸”一方，配合汤方合用，多获疗效。适应证如下:
    ①一般小儿发热，有惊风的前兆，指头抽动，寐中惊跳等。未成惊者，以退热为主。主证唇红而干，舌色干绛，有汗，手微凉，鼻旁青色者，葛根芩连汤加龙胆草、安脑丸主之，处方如下:葛根3g  黄芩3g  川黄连0.9g  龙胆草0.6g  安脑丸1粒(化服)。
    ②小儿发热，见惊风抽搐者，或虽不发热而目光有异征，神气不敏活者，虽未见抽搐，亦须照惊风已成法治之，处方:炙蝎尾0.3g(研末冲)    天麻3g  防风2.4g  知母3g  龙胆草0.9g  独活1.8g  当归身9g  薄荷3g  安脑丸3粒(化服)。
    ③发热，神昏，抽搐，项反折，后脑酸，为脑脊髓膜炎证，处方:乌犀尖0.9g  蝎尾0.6g(炙研冲)  薄荷3g  鲜生地9g  防风3g  独活3g  龙胆草1.5(炒)  安脑丸3粒(化服)  川黄连0.9g。病重者，须连服4、5贴，并且第1贴可加羚羊0.6g。