船旗国监督与港口国监督是相互对应的一对概念，船旗国监督是船旗国海事主管机关对悬挂本国国旗的船舶实施的监督检查，而港口国监督是港口国海事主管机关对外国籍船舶实施的监督检查。正确理解港口国监督与船旗国监督的关系非常重要，港口国监督与船旗国监督的关系涉及五个方面的问题：
(1)谁应该承担船舶安全管理的主要责任，港口国还是船旗国?
(2)在理想状态下，港口国监督是否有必要存在?
(3)如果船旗国不能有效履行职责，港口国监督是否可以作为一个有效的工具，促进保障船舶安全?
(4)港口国监督在消除低标准船舶方面是否发挥了有效的作用?
(5)港口国监督是否可以取代船旗国监督?
从以上五个问题的答案中，我们可以清楚地看到港口国监督与船旗国监督的关系：船旗国是对船舶实施安全行政管理的主体，应承担船舶安全管理的主要责任，对于港口国来说，港口国监督更多地表现为一种保护本国水域航行安全的权力。在理想状态下，如果船旗国能够有效的履行职责，那么港口国监督是没有必要存在的。在船旗国不能够有效履行职责的情况下，港口国监督可以发挥积极的作用，促进船舶安全，而且近年来港口国监督发展的历史证明，港口国监督在打击、消除低标准船舶方面的确可以发挥重要的作用，并取得了良好的效果。但是，港口国监督只是对船旗国监督的积极补充，船舶安全管理的主要责任在于船旗国，港口国监督不能够取代船旗国监督、也不应该取代船旗国监督。
