(一)制冷方式
冷藏船上一般都装有制冷装置，船舱隔热保温，多采用氨或氟利昂制冷系统；制冷剂主要是NH3、R22和R5.2。冷却方式主要是冷风冷却，也可以向循环空气系统不断注入少量液氮，还可以用一次注入液体二氧化碳或液氮等方式进行冷却。冷却系统应根据冷藏船的用途来选择，运输水果和冷却肉的则采用空气冷却装置；运输冻结食品的则采用盐水系统，盐水管为排管，是用无缝钢管以电焊或气焊焊接而成。
(二)制冷系统
制冷机房设置在隔仓间或在主机问，氨制冷机多半设置在隔仓间，这里通风良好，当发生事故时，人们出来方便。氟利昂制冷机组设置在主机间。为了防止氨系统发生事故时，氨气向其他房间散发，氨制冷系统应设置在单独的房间内。制冷间的降温通过不同温度的盐水系统来完成。
船上的机房较狭小，所以制冷装置要尽可能地紧凑，但又要为维修留下空间。考虑到生产的经济性和在船上安装的快速性问题，为了适应船上的快速安装要求，已越来越多地采用系列化组装部件，其中包括若干特殊结构。环境温度的变化容易引起渗入冷却货舱内的热量的变化，因此必须控制制冷装置的负荷波动，所以，船用制冷装置上一般装有自动能量调节器，以保持货舱温度恒定不变。运输过程中，为了确保制冷装置连续工作，必须装备备用机器和机组。
(三)渔业冷藏船的制冷系统
渔业冷藏船上使用隧道式冻结装置和其他速冻设备，如平板冻结装置、液体冻结装置、流态冻结装置等。制冷压缩机以使用高速多缸、短行程、有能量调节机构的压缩机为主。螺杆制冷压缩机的使用日益普遍，它具有制冷量大、运行可靠、寿命长、能进行无级能量调节等特点，特别适于在船上使用。
冷藏仓容量应当足够冻结和储藏1～2个月的渔获量，冷藏温度要根据所运输易腐货物的种类进行调节，达到最佳冷藏温度。例如，对于冻结水产品一般要求在一18℃以下，并有低温化的趋势，有的国家采用一25℃或一0℃冷藏温度。对于特种水产品如金枪鱼则温度要求更低，在一60℃～一50℃之间。如果冷藏舱超过2000m3则应有两套制冷设备系统，一套备用。
冷藏船、冷藏舱应该隔热保温，隔热结构应考虑到金属外壳同支架肋骨和船梁等形成的冷桥，一般多采用软木板或碎块软木板为隔热材料，船舷的标准隔热层是由几层涂热沥青黏合的软木板，总厚度为200mm～240mm。由两层20mm木板组成的铺板固定于支柱上，铺板间放有两层羊皮板或油毛毡，支柱用螺栓固定于船身肋骨上。考虑到实际环境温度变化较大，有时气温高达40℃以上，有时又低至一40℃。在设计计算隔热层时，隔热层的传热系数K<0．5W／㎡。
(四)运输冷藏船的制冷系统
运输冷藏船的冷藏容积在3500m3时，制冷机组的制冷量为470kW，而对于同容积的渔业船来说，如果带有冻结装置，则要求制冷量更大，如冻结量为每昼夜50t时，则制冷量高达1200kW。冷藏温度越低时，所需的制冷量越大。
以我国198t拖网渔船制冷系统为例进行介绍。该船为近海捕捞拖网渔船，设有150m3(约66t)鱼舱，舱温为±2。C。采用直接盘管冷却和碎冰冷却，用于鱼品保鲜。设计的渔船用于拖网作业，每船每天起网3次，每网产量20t，日产60t，平均每航次作业11天。
制冷装置采用双缸活塞式制冷压缩机，标准制冷情况为32500W(R134a)制冷机及辅助设备均装在主机舱内，采用集中控制和远距离温度测量。制冷装置在给定温度下可自动启动、运行、停车。另外，渔船出海时带冰28t，以备制冷装置发生故障时应急之用。
制冷系统由压缩机、分油器、冷凝器、储液器、过滤器、干燥器、供液电磁阀、膨胀阀、蒸发盘管、气液分离器组成。压缩机配用22kW电动机。
随着冷藏集装箱的普及与发展，目前水上运输大部分已采用冷藏集装箱代替运输船冷藏货舱来进行易腐货物的运输。冷藏集装箱运输船将成为水上运输的主要工具。
