1、技术整合问题。在建立极速供应链的过程中，上下游企业以及顾客之间的信息流通至关重要，而信息的快速流通又需要有强有力的技术支撑。虽然许多供应链企业都建立了自己的信息处理系统，但系统协调性缺乏、技术层面偏低仍然是制约信息快速传递流通的瓶颈。对信息系统的构建，大多数企业没有超出传统的 ERP系统，只是根据自身情况量身定做，而不是以整个供应链系统的实际情况作为构建的出发点，结果导致各个企业系统互不兼容，整个供应链系统失调，信息流动受阻，更不用说快速流通了。同时，供应链信息共享系统的正常运作需要日常的技术维护和升级，而这往往是各个供应链企业不愿意负担的“包袱”，一旦系统出现问题，各企业虽然损失严重，但也会如热锅蚂蚁，拿不出有效的应急措施应对系统故障。
2、组织结构问题。虚拟供应链的组织结构有其特有的优点，比如反应迅速，高效率低成本，但也有其先天性的不足。管理无组织，领导无权威是其最大软肋。由于管理的松散和规避风险的本能，各个供应链企业难免会做出一些符合自身利益而又有碍于整个供应链正常运作的决策。没有严格的管理体制和正式的规章制度的约束，各企业各自为政，结果是信息流通受阻，供应链物资流通不畅。建立严格并且合理的组织机构已成为构建急速供应链的根本保障。
3、成本与速度问题。建立极速供应链，往往把重心放在速度上，尽一切可能压缩前置时间，而忽略了快速反应所带来的成本增长。反应能力是有代价的。如要提高对大幅度需求的反应能力，就必须提高生产能力，产品成本就会随之增加，从而导致供应链盈利水平的下降，每一种提高反应能力的战略都会付出额外的成本。当然，在建立基于时间竞争的极速供应链的同时，应该加强供应链的整合管理。供应链的整合管理不是指某种管理信息系统，管理信息系统只不过是实现供应链整合的工具之一。整合管现需要以人为中心的企业转型方法论，强调授之以渔而非授之以鱼，如何运用好这些管理信息系统才是供应链整合管理的目标所在。而高级管理人才的培养，是实现这一目标的唯一选择，因此，在供应链整合的同时应该注重专业人才的培养与运用。
