1、交易合同的真实性
商业银行在供应链融资模式中，是资金的注入者，更关注整个供应链交易的风险，对风险的评估不再只是对借款主体的评估，更多是对交易进行评估，因此，交易合同真实性就是至关重要的，也是供应链健康运行的关键所在。银行对供应链企业的信贷支持是基于交易合同真实性和自偿性特征，一旦交易合同的真实性不存在，银行就会面临巨大的风险。
2、核心企业风险传递
供应链融资是银行依赖核心企业的信用，向整个供应链提供金融解决方案，实际上是将核心企业的融资能力转化为上下游企业的融资能力，提升上下游企业的信用级别。在这个过程中，核心企业与其上下游中小企业是信用捆绑关系。在融资工具向上下游延伸过程中，一旦核心企业信用出现风险，这种风险也必然会随着交易链条扩散到系统中的上下游企业，进而影响供应链金融的安全性。
3、没有完整信用体系支撑
供应链金融的基础是供应链成员企业之间紧密而又稳定的协作关系，而这种协作关系维系的关键是企业之间的信用。如果供应链成员企业之间缺乏可靠和稳定的信用关系，那么银行供应链金融的风险也会加大。
4、立法滞后问题
供应链融资业务是一项业务创新，产品不断推陈出新，业务模式多样，相对于传统业务其标准化程度较低。在信用捆绑、货物监管、资产处置、交易文本的确定等诸多方面涉及一系列新的法律问题，现有法律很难完全覆盖，这也会给供应链金融业务带来法律风险。
5、操作风险
目前供应链金融业务自成业务系统，专业化程度较高，从业务准入评级到审批、贷后管理都有别于传统业务，此外供应链金融服务作为系统性业务不仅对核心企业及其供应链的运行有总体把握，还要熟悉行业特征、竞争模式、风险表现，因此该项业务对从业人员提出更高要求。而在实际工作中，商业银行对其内部管理大都沿用传统业务模式，存在各环节操作风险，在一定程度上制约了业务发展。
