海关对保税储存和保税加工货物的监管，.是以经营保税业务的企业按照海关对保税货物监管的各项具体制度的规定，在对保税货物储存加工后复运出口为基本目标的，对不能复运出口的需要重新办理进口纳税手续。海关对保税货物的实际监管作业程序，按顺序有五个阶段组成。
(一)保税货物合同的登记备案(保税储存货物免办)
这一环节是在前期管理阶段进行，海关的主要任务是审核货物的成交合同和经营单位资信状况。确认贸易性质，对企业和货物进行风险等级确定，核发《登记手册》。
(二)货物进口监管
这一环节海关主要任务是受理保税储存货物和保税加工所需料件的进口报关，经查验和签印放行，允许当事人将货物提离海关监管现场，运抵保税仓库或保税加工企业。
(三)核查货物储存和加工状况
这一环节海关的主要任务是定期或不定期核查保税业务经营者按规定报送的报表，并视情况到企业进一步核查帐册、盘点货物等，以此监控保税货物在境内合法正常的储存加工。
(四)根据货物实际去向办理海关手续
在这一环节的主要任务是根据保税货物经储存、或加工复运、或返销出口、或转为内销、或结转二次保税等去路，分别办理相应的海关手续。
(五)资物的核销结案
在这一环节中，海关的任务是核对查实保税货物进口储存、出库及实际去向的有关数据;核对、查实保税加工货物的进、出比例和消耗数据。根据货物的进与出的平衡程度，进行监管核销。
对新建的保税仓库、保税工厂、保税集团、保税物资市场、保税区等，按规定在经营前还必须向海关办理保税经营的注册登记手续，以取得保税经营的资格
