1.区域性质。保税区是海关监管的特殊区域，不具备自由贸易区和自由港所拥有的海关治外法权。而享有海关治外法权是自由贸易区和自由港的最基本特征。
2.海关监管。海关对保税区没有真正按“一线放开、二线管住”来实施管理，而是把保税区当作一个大保税仓，以管理保税仓的办法来管理保税区；海关没有对保税区进行区域管理，而是直接管理区内的每个企业。
3.贸易管理。中国对保税区的贸易限制很多，商务部把保税区企业视作境外企业，保税区贸易企业没有进出口经营权，无法开展国际贸易。国家税务总局也规定，国内的货物经保税区出口，须实际离境，才能给予退税。货物从国内到保税区，视同出口，但不给予退税。
4.外汇管理。在国外自由贸易区，外汇可以自由兑换，资金出入与转移自由、资金经营自由。而中国保税区内企业在购汇和结汇上，比保税区外企业限制要多。
5.物流服务业的可扩展性。国家在设立保税区时并未建立统一的评价指针，具体运作与考核均由地方政府负责。地方政府在考核时侧重于吸引外资、增加就业与税收、以及GDP增长等直接效益指针，并将主要精力放在招商引资和发展工业项目上。现有的大多数保税区都发展成了加工制造型的特殊经济区域，有些保税区内几乎已经没有发展物流服务业的用地，物流服务业的发展空间受到制约。
