出口退税主要实行两种办法：
1.对外贸企业出口货物实行免税和退税的办法，即对出口货物销售环节免征增值税，对出口货物在前各个生产流通环节已缴纳增值税予以退税；
2.对生产企业自营或委托出口的货物实行免、抵、退税办法，对出口货物本道环节免征增值税，对出口货物所采购的原材料、包装物等所含的增值税允许抵减其内销货物的应缴税款，对未抵减完的部分再予以退税。
出口退税的税款实行计划管理。财政部每年在中央财政预算中安排出口退税计划，同国家税务总局分配下达给各省(区、市)执行。不允许超计划退税，当年的计划不得结转下年使用。
出口企业的出口退税全部实行计算机电子化管理。通过计算机申报、审核、审批，从2003年起启用了“口岸电子执法系统”出口退税子系统。对企业申报退税的报关单、外汇核销单等出口退税凭证，实现了与签发单证的政府机关信息对审的办法，确保了申报单据的真实性和准确性。
