１．转移价格的定价机制改变了价格作为市场信号的贸易秩序。在母公司与子公司之间转移产品、服务、资金时，人为地调高或调低价格与收费，在一定程度上削弱了市场自由竞争赖以存在的供求调节价格的价格机制，破坏了国际市场价格与供求关系之间的联系。因此，内部贸易减弱了价格作为市场信号的作用，在一定程度上干扰了原本以市场价格为基础的贸易秩序。
２．转移价格往往损害了东道国的利益。由于内部贸易采用转移价格手段，达到跨国公司的特定目标，如将资金调出东道国，规避东道国的税收，绕过东道国的关税壁垒等。据有关部门的数字表明，中国境内的外资企业亏损高达40%以上，有些地区甚至达到75%，因此许多合资、合作企业的中方无利可分，甚至连年亏损。令人深思的是这些企业的外方却不断增资，合理的解释只可能是这些企业的外方通过“高进低出”的转移价格侵吞了中方的收益，实现了“虚亏实盈”、“中亏外盈”。可见，跨国公司通过转移价格侵吞了东道国合资方的利润，减少了东道国的税收收入。
３．内部贸易降低了东道国引进外资的关联效应。很多东道国，特别是发展中国家，大力引进外资的目的之一就是希望通过跨国公司的投资带动上游产业或下游产业的发展。然而跨国公司从全球战略出发，有时宁可高价进口国外关联公司的原材料、半成品，因而降低了跨国公司在东道国直接投资的关联效应。例如，某合资企业生产用的主要原材料阿苯达唑，国内许多厂家均能生产，而且产品质量很好，但该企业的合资外方却拒绝使用高质价廉的国产原料，而高价从其他国家的子公司进口。
４．跨国公司的内部贸易使国际关系复杂化。一方面，跨国公司通过内部贸易侵占了东道国的利益，破坏了东道国的投资声誉，而且使东道国在制定外经贸政策时左右为难；另一方面，内部贸易中的返销假活动使得进出口国地位改变，改变了双方的贸易差额。不利于东道国的国际收支改善。这些矛盾显然会造成国际经贸关系复杂化。例如，美国以巨额贸易逆差为由向其贸易伙伴施加压力，如要求日本开放市场、汇率升值；要求中国开放市场等。
由此可见，跨国公司的内部贸易是国际贸易发展的一把“双刃剑”。如何运用好这把“双刃剑”已引起了世界各国普遍关注。例如美国、法国、日本等拥有大量对外直接投资的发达国家都已制定出专门法规，限制跨国公司转移价格的作用。发展中国家与跨国公司打交道的时间短，缺乏经验，要管制转移价格就比较困难。目前发展中国家应该从完善法令、法规入手，加强对外资企业财务报表的审核，并及时了解国际市场价格的变动情况及有关国家的税率差别，了解国际市场同行业利率水平，及时发现问题，以对跨国公司转移价格进行限制，扬长避短，为我所用。
