两种方法
出口企业在申请开具《生产企业进料加工贸易免税证明》时，有两种办法：一是购进计算法；二是实耗计算法。
（1）购进计算法
购进计算法是指从事进料加工的生产企业在进口料件报关进口入库后，将进口报关单进口额折合计算出海关进口料件组成计税价格，乘以复出口货物的征税税率和退税率之差，在计算当期应纳税额时从出口货物不予免征、抵扣和退税的税额中扣减的进料加工税收管理办法；
（2）实耗计算法
实耗计算法是指从事进料加工的生产企业在进口料件报关进口入库且将复出口货物出口后，根据该批复出口货物的数量金额与《进料加工登记手册》规定出口的数量金额计算出当期海关核销进口料件组成计税价格，乘以复出口货物的征税税率和退税率之差，在计算当期应纳税额时从当期出口货物不予免征、抵扣和退税的税额中扣减的进料加工税收管理方法。
购进计算法操作简便，减少出口企业资金占用，但是不便于监管。采用该办法，出口退税管理部门应做好台账专门登记，对已过返销期仍不办理该手册核销手续的，要及时检查，分情况进行补税、处罚。实耗计算法有利于监管，但是计算、操作时复杂，由于不能及时扣减当期出口货物不予免征、抵扣和退税的税额，相对占用了出口企业的资金。
在计算应纳税额时，若当期免抵退税不得免征和抵扣税额小于零，则按零计算。即：当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价<当期海关免税进口料件组成计税价格时，可以抵减的当期海关免税进口料件组成计税价格按当期出口货物离岸价×抵扣和退税的税额时，退税率也应以进料加工申报表中申报时间为准。
应纳税额
当期应纳税额=当期内销货物的销项税额﹣（当期进项税额﹣当期免抵退税不得免征和抵扣税额）﹣上期留抵进项税
免抵退税不得免征和抵扣税额=当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×（出口货物征税税率﹣出口货物退税率）﹣免抵退税不得免征和抵扣税额抵减额
免抵退税不得免征和抵的税额抵减额=免税购进原材料价格×（出口货物征税税率﹣出口货物退税率）。
上述征税税率和退税税率均指复出口货物的征税税率和退税税率。
当期税计算
当期免抵退税额=当期出口货物的离岸价×外汇人民币牌价×出口货物退税率﹣免抵退税额抵减额
免抵退税额抵减额=免税购进原材料价格×出口货物退税率
免税购进原材料包括国内购进免税原材料和进料加工免税进口料件。其中国内购进免税原材料是指开具进料加工免税证明业务所涉及符合国家政策规定的国内购进原材料，进料加工免税进口料件的价格为组成计税价格。
进料加工免税进口料件组成计税价格=货物到岸价格海关实征关税海关实征消费税
税额的计算
（1）当期期末留抵税额≤当期免抵退税额时：
当期应退税额=当期期末留抵税额
当期免抵税额=当期免抵退税额﹣当期应退税额
（2）当期期末留抵税额>当期免抵退税额时，
当期应退税额=当期免抵退税额
当期免抵税额=0
结转下期抵扣的进项税额=当期期末留抵税额﹣当期应退税额
“当期期末留抵税额”为现行《增值税纳税申报表》中“免抵退货物已退税额”与“期末留抵税额”的合计数。“免抵退税货物已退税额”应理解为当期免抵退税货物应退税额。
生产企业开展进料加工业务，应按规定先持外经贸主管部门的批件，送主管其出口退税的税务机关审核签章。各市地主管出口退税的税务机关须严格审核签章，并建立台账逐笔登记，将复印件留存备查。海关凭盖有主管出口退税的税务机关印章的外经贸主管部门的批件，方能办理《进口料件登记手册》。
