报关工作的全部程序分为申报、审价、查验、放行三个阶段。
申报
（一）进出口货物的申报
进出口货物的收、发货人或者他们的代理人，在货物进出口时，应在海关规定的期限内，按海关规定的格式填写进出口货物报关单，随附有关的货运、商业单据，同时提供批准货物进出口的证件，向海关申报。报关的主要单证有以下几种：
进口货物报关单。一般填写一式二份（有的海关要求报关单份数为三份）。报关单填报项目要准确、齐全、字迹清楚，不能用铅笔；报关单内各栏目，凡海关规定有统计代号的，以及税则号列及税率一项，由报关员用红笔填写；每份报关单限填报四项货物；如发现情况有无或其他情况需变更填报内容的，应主动、及时向海关递交更改单。
出口货物报关单。一般填写一式两份（有的海关要求三份）。填单要求与进口货物报关单基本相同。如因填报有误或需变更填报内容而未主动、及时更改的，出口报关后发生退关情况，报关单位应在三天内向海关办理更正手续。
随报关单交验的货运、商业单据。任何进出口货物通过海关，都必须在向海关递交以填好的报关单的同时，交验有关的货运和商业单据，接受海关审核诸种单证是否一致，并由海关审核后加盖印章，作为提取或发运货物的凭证。随报关单同时交验的货运和商业单据有：海运进口提货单；海运出口装货单（需报关单位盖章）；陆、空运运单；货物的发票（其份数比报关单少一份，需报关单位盖章等）；货物的装箱单（其份数与发票相等，需报关单位盖章）等。需要说明的是如海关认为必要，报关单位还应交验贸易合同、定货卡片、产地证明等。另外，按规定享受减、免税或免验的货物，应在向海关申请并已办妥手续后，随报关单交验有关证明文件。
进（出）口货物许可证。进出口货物许可证制度，是对进出口贸易进行管理的一种行政保护手段。我国与世界上大多数国家一样，也采用这一制度对进出口货物、物品实行全面管理。必须向海关交验进出口货物许可证的商品并不固定，而是由国家主管部门随时调整公布。凡按国家规定应申领进出口货物许可证的商品，报关时都必须交验由对外贸易管理部门签发的进出口货物许可证，并经海关查验合格无误后始能放行。但对外经济贸易合作部所属的进出口公司、经国务院批准经营进出口业务的个部位所属的工贸公司、个省（直辖市、自治区）所属的进出口公司，在批准的经营范围内进出口商品，视为以取得许可，免领进出口货物许可证，只凭报关单即可向海关申报；只有在经营进出口经营范围以外的商品时才需要交验许可证。
检验检疫单证：国家出入境检验检疫局与海关总署从2000年1月1日起实施新的检验检疫货物通关制度，通关模式为“先报验，后报关”。同时出入境检验检疫部门将启用新的印、证书。
新的检验检疫制度对原卫检局、动植物局、商检局进行“三检合一”，全面推 行“一次报检、一次取样，一次检验检疫，一次卫生除害处理，一次收费，一次发证放行”的工作规程和“一口对外”的国际通用的新的检验检疫模式。而从2000年1月1日起，对实施进出口检疫的货物启用“入境货物通关单”和“出境货物通关单”，并在通关单上加盖检验检疫专用章，对列入《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出口商品目录》范围内的进出口货物（包括转关运输货物），海关一律凭货物报关地出入境检验检疫局签发的“入境货物通关单”或“出境货物通关单”验放，取消原“商检、动植检、卫检”以放行单、证书及在报关单上加盖放行章通关的形式。同时， 正式启用出入境检验检疫证书，原来以“三检”名义对外签发的证书自2000年4月1日 起一律停止使用。
同时，从2000年起对外签订合同、信用证时都要按新制度办事。
海关要求报关单位出具“入境货物通关单”或“出境货物通关单”，一方面是监督法定检验商品是否已经接受法定的商检机构检验；另一方面是取得进出口商品征税、免税、减税的依据。根据《中华人民共和国进出口商品检验法》以及《商检机构实施检验的进出口商品种类表》规定，凡列入《种类表》的法定检验的进出口商品，均应在报关前向商品检验机构报验。报关时，对进出口商品，海关凭商检机构签发的“入境货物通关单”和“出境货物通关单”进口货物报关单上加盖的印章验收。
其他单证：除上述单证外，对国家规定的其他进出口管制货物，报关单位也必须向海关提交由国家主管部门签发的特定的进出口货物批准单证，由海关查验合格无误后再予以放行。诸如药品检验，文物出口签定，金银及其制品的管理，珍贵稀有野生动物的管理，进出口射击运动、狩猎用枪支弹药和民用爆破物品的管理，进出口音像制品的管理等均属此列。
审价
（二）进出口货物海关审价
（一）海关审价原则
海关审查确定进出口货物完税价格，应当遵循客观、公平、统一的原则。
（二）进口货物的完税价格
进口货物的完税价格，由海关以符合条件的成交价格以及该货物运抵中华人民共和国境内输入地点起卸前的运输及其相关费用、保险费为基础审查确定。
（三）进口货物的成交价格
进口货物的成交价格，是指卖方向中华人民共和国境内销售该货物时买方为进口该货物向卖方实付、应付的，并按规定调整后的价款总额，包括直接支付的价款和间接支付的价款。
进口货物的成交价格应当符合下列条件：
1. 对买方处置或者使用该货物不予限制，但法律、行政法规规定实施的限制、对货物转售地域的限制和对货物价格无实质性影响的限制除外；
2. 进口货物的价格不得受到使该货物成交价格无法确定的条件或者因素影响；
3. 卖方不得直接或者间接获得因买方销售、处置或者使用进口货物而产生的任何收益，或者虽有收益但能够按照规定提供客观量化数据资料进行调整；
4. 买卖双方没有特殊关系，或者虽有特殊关系但是按照规定未对成交价格产生影响。
（四）进口货物完税价格的调整因素
1. 进口货物的下列费用应当计入完税价格：
⑴由买方负担的购货佣金以外的佣金和经纪费；
⑵由买方负担的在审查确定完税价格时与该货物视为一体的容器的费用；
⑶由买方负担的包装材料费用和包装劳务费用；
⑷与进口货物的生产和向中华人民共和国境内销售有关的，由买方以免费或者以低于成本的方式提供并可以按适当比例分摊的料件、工具、模具、消耗材料及类似货物的价款，以及在境外开发、设计等相关服务的费用；
⑸作为进口货物向中华人民共和国境内销售的条件，买方需向卖方或有关方直接或间接支付的、与进口货物有关的特许权使用费；
⑹卖方直接或者间接从买方获得的该货物进口后销售、处置或者使用所得中获得的收益。
2. 进口货物的价款中单独列明的下列税收、费用，不计入该货物的完税价格：
⑴厂房、机械、设备等货物进口后发生的建设、安装、装配、维修或技术援助费用，但是保修费用除外；
⑵进口货物运抵境内输入地点起卸后的运输及其相关费用、保险费；
⑶进口关税、进口环节海关代征税及其他国内税；
⑷为在境内复制进口货物而支付的费用；
⑸境内外技术培训及境外考察费用。
同时符合条件的利息费用不计入完税价格。
（五）进口货物的成交价格不符合规定的，或者成交价格不能确定的，海关经了解有关情况，并与纳税义务人进行价格磋商后，依次以下列方法估定该货物的完税价格：
1. （相同货物成交价格估价方法）海关以与进口货物同时或者大约同时向中华人民共和国境内销售的相同货物的成交价格为基础审查确定完税价格的估价方法；
2. （类似货物成交价格估价方法）海关以与该货物同时或者大约同时向中华人民共和国境内销售的类似货物的成交价为基础审查确定完税价格的估价方法格；
3. （倒扣价格估价方法）海关以该货物进口的同时或者大约同时，将该进口货物、相同或者类似进口货物在境内第一级销售环节销售给无特殊关系买方最大销售总量的单位价格，但应当扣除以下项目。
⑴同等级或者同种类货物在中华人民共和国境内第一级销售环节销售时通常的利润和一般费用以及通常支付的佣金；
⑵进口货物运抵境内输入地点起卸后的运输及其相关费用、保险费；
⑶进口缴税及其他国内税收。
4. (计算价格估价方法) 海关以下列各项的总和为基础审查确定完税价格的估价方法格：
⑴生产该货物所使用的料件成本和加工费用；
⑵向中华人民共和国境内销售同等级或者同种类货物通常的利润和一般费用（包括直接或间接费用）；
⑶该货物运抵境内输入地点起卸前的运输及其相关费用、保险费。
5.（合理估价方法）海关不能根据上述方法估定进口货物完税价格时，根据规则原则，以客观量化的数据资料为基础审查确定完税价格的估价方法。
纳税义务人向海关提供有关资料后，可以提出申请，颠倒前款第3项和第4项的适用次序。
（六）海关审价的程序
1.海关对申报价格的真实性、准确性有疑问时，或认为买卖双方的特殊关系影响到成交价格时，制发《海关价格质疑通知书》将质疑理由书面告知进出口货物的纳税义务人或其代理人。
2. 海关对进出口货物的纳税义务人或其代理人在期限内书面提供相关资料或其他证据进行审核。对存在下列情形的，海关与纳税义务人进行价格磋商后，按规定估定该货物的完税价格：
⑴进出口货物的纳税义务人或其代理人在海关规定期限内，未能提供进一步说明的；
⑵海关经审核进出口货物纳税义务人或其代理人书面提供的相关资料、证据后，仍有理由怀疑申报价格的真实性或准确性时，海关可不接受申报价格。
⑶海关经审核进出口货物纳税义务人或其代理人书面提供的相关资料、证据后，仍有理由认为买卖双方之间的特殊关系影响成交价格的。
查验
（三）进出口货物的查验
进出口货物，除海关总署特准查验的以外，都应接受海关查验。查验的目的是核对报关单证所报内容与实际到货是否相符，有无错报、漏报、瞒报、伪报等情况，审查货物的进出口是否合法。 海关查验货物，应在海关规定的时间和场所进行。如有特殊理由，事先报经海关同意，海关可以派人员在规定的时间和场所以外查询。申请人应提供往返交通工具和住宿并支付费用。
海关查验货物时，要求货物的收、发货人或其代理人必须到场，并按海关的要求负责办理货物的搬移、拆装箱和查验货物的包装等工作。海关认为必要时，可以径行开验、复验或者提取货样、货物保管人应当到场作为见证人。
查验结束后，由陪同人员在《查验记录单》上签名、确认。
查验货物时，由于海关关员责任造成被查货物损坏的，海关应按规定赔偿当事人的直接经济损失。赔偿办法：由海关关员如实填写《中华人民共和国海关查验货物，物品损坏报告书》一式两份，查验关员和当事人双方签字，各留一份。双方共同商定货物的受损程度或修理费用（必要时，可凭公证机构出具的鉴定证明确定），以海关审定的完税价格为基数，确定赔偿金额。赔偿金额确定后，由海关填发《中华人民共和国海关损坏货物、物品赔偿通知》，当事人自收到《通知单》之日起，三个月内凭单向海关领取赔款或将银行帐号通知海关划拨，逾期海关不再赔偿。赔款一律用人民币支付。
放行
（四）进出口货物的放行
海关对进出口货物的报关，经过审核报关单据、查验实际货物，并依法办理了征收货物税费手续或减免税手续后，在有关单据上签盖放行章，货物的所有人或其代理人才能提取或装运货物。此时，海关对进出口货物的监管才算结束。 另外，进出口货物因各种原因需海关特殊处理的，可向海关申请担保放行。海关对担保的范围和方式均有明确的规定。
进口报关期限
报关期限是指货物运到口岸后，法律规定收货人或其代理人向海关报关的时间限制。
根据《海关法》规定，进口货物的报关期限为自运输工具申报进境之日起14日内，由收货人或其代理人向海关报关；转关进口货物除在14日内向进境地海关申报外，还须在载运进口货物的运输工具抵达指运地之日起14日内向指运地海关报关；超过这个期限报关的，由海关征收滞报金。进口货物规定报关期限和征收滞报金是为了运用行政手段和经济手段，促使进口货物收货人或其代理人及时报关，加速口岸疏运，使进口货物早日投入生产和使用。
进、出口货物报关单应当随附的单证：
(一)合同;
(二)发票;
(三)装箱清单;
(四)企业营业执照复印件
(五)载货清单(舱单);
(六)海运提单;
(七)代理报关授权委托协议;
(八)进出口许可证件;
(九)海关要求的加工贸易手册(纸质或电子数据的)及其他进出口有关单证。海关应当留存进出口许可证件的正本，其余单证可以留存副本或复印件。
为统一进出口货物报关单填报要求，保证报关单数据质量，根据《海关法》及有关法规，制定本规范。
本规范在一般情况下采用“报关单”或“进口报关单”、“出口报关单”的提法，需要分别说明不同要求时，则分别采用以下用语：
1、报关单录入凭单：指申报单位按海关规定的格式填写的凭单，用作报关单预录入的依据(可将现行报关单放大后使用)。
2、预录入报关单：指预录入公司录入、打印，并联网将录入数据传送到海关，由申报单位向海关申报的报关单。
3、EDI报关单：指申报单位采用EDI方式向海关申报的电子报文形式的报关单及事后打印、补交备核的书面报关单。
4、报关单证明联：指海关在核实货物实际入、出境后按报关单格式提供的证明，用作企业向税务、外汇管理部门办结有关手续的证明文件。
进口报关代理注意事项：
进口代理最需要注意的是货物的所有权问题，货物所有人在跟进口代理商谈妥之后，必须签订进口代理协议，明确写明货物的所有权，以避免由此产生的纠纷。而进口代理商也要适时维护自己的权益，由于放货给客户之后而没有得到应得利益而产生的纠纷以及法律诉讼案例，已不胜枚举。
(1)接到客户全真单据后，应确认货物的商品编码，然后查阅海关税则。确队进口税率。确认货物需要什么监管条件，如需做各种检验，则应在报关前向有关机构报验。报验所需单据：报验申请单、正本箱单发票，合同、进口报关单两份。
(2)换单时应催促般舶代理部门及时给海关传舱单，如有问题应与海关舱单室取得联系，确认舱单是否转到海关。
(3)当海关要求开箱查验货物，应提前与场站取得联系，调配机力将所查箱子调至海关指定的场站。(事先应现场站确认好调箱费、掏箱费。)
2.若是法检商品应办理验货手续。
如需商检，则要在报关前，拿进口商检申请单(带公章)和两份报单办理登记手续，并在报关单上盖商检登记在案章以便通关。验货手续在最终目的地办理。
如需动植检，也要在报关前拿箱单发票合同报关单去代报验机构申请报验，在报关单上盖放行章以便通关，验货手续可在通关后堆场进行。
3.海关通关放行后应去三检大厅办理三检，向大厅内的代理报验机构提供箱单、发票、合同报关单，由他们代理报验。报验后，可在大厅内统一窗口交费，并在白色提货单上盖三检放行章。
4.商检手续办理后，去港池大厅交港杂费。
港杂费用结清后，港方将提货联退给提货人供提货用。
5.所有提货手续办妥后，可通知事先联系好的堆场提货。
注意事项。
（1）首先应与港池调度室取得联系安排计划。
（2）根据提箱的多少与堆场联系足够的车辆尽可能按港方要求时间内提清。以免产生转栈堆存费用。
（3）提箱过程中应与堆场有关人员共同检查箱体是否有重大残破，如有，要求港方在设备交接单上签残。
6.重箱由堆场提到场地后，应在免费期内及时掏箱以免产生滞箱。
7.货物提清后，从场站取回设备交接单证明箱体无残损，去船公司或船舶代理部门取回押箱费。
