1、 与客户签订进、出口合同正本和进料耗料清单，商务局需1进1出正本，海关需要进出口合同、“进料耗料清单”正本数量与手册数量相同用于粘贴在手册上，并按手册数量提供合同（至少其中一份是正本，其余的可以是复印件，但要加盖公章）、“进料耗料清单”供其存底。
2、 办理手续时，需向海关提交企业委托其办理海关业务的委托书和其个人身份证复印件（加盖单位公章）。
3、 将合同录入电脑，上网传输到商务局交其审批。
4、 商务局审批后，工厂在网上打印《加工贸易业务批准申请表》、《进口料件申请备案清单》、《出口成品申请备案清单》、《出口制成品及对应进口料件消耗备案清单（1）》各1份交商务局。(仅需一份)
5、 到商务局贸管科领取盖有“商务局加工贸易业务审批专用章”的《加工贸易业务批准证》、《进口料件申请备案清单》、《出口成品申请备案清单》、《出口制成品及对应进口料件消耗备案清单（1）》，办几本手册就一式几份。
6、 按照合同及《加工贸易业务批准证》的内容填写进料加工登记手册，并在相应位置加盖单位公章，交商务局审批并盖“商务局加工贸易业务审批专用章”。
7、 向商务局递交《加工贸易加工企业生产能力证明》，盖“商务局加工贸易业务审批专用章”后，商务局存1份，工厂取若干份（数量与办手册数量相同）凭以向海关办理手续。
8、 将商务局审批后的手册交国家税务局签署“同意办理”字样并加盖税务局公章。(此步骤好象现在不用了)
9、 交报关行进行手册办理预录入。
10、 往海关加工贸易管理科办理手册。递交《加工合同备案申请表》（每本手册一份表，要填预录入号）、合同等。
11、 如果一个合同要办理若干本手册，还要递交办理多本手册的说明报告。
12、 向海关递交加盖公司公章的“生产排料图”和“生产工艺流程”或者类似海关要求的文件，办几本手册就一式几份。另外，又按手册本数每手册提交各一份供海关存档。
13、 海关经过3级审批后，开具《银行保证金台帐开设联系单》交经办人前往中国银行国际结算部办理设立加工贸易进口料件保证金台帐，取回《银行保证金台帐登记通知单》，将白色海关联交回海关。
(如果需要办理分册,还将继续下列程序)
14、 交报关行进行出口分册办理预录入。
15、 向海关递交办理分册的报告，填写《加工贸易（异地报关、深加工结转）分册申请表》递交海关办理出口分册及合同。
