由于关税与贸易总协定不是一个正式的国际组织，这使它在体制上和规则上有着多方面的局限性。
1．总协定的有些规则缺乏法律约束，也无必要的检查和监督手段。例如，规定一国以低于“正常价值”的办法，将产品输入另一国市场并给其工业造成“实质性损害和实质性威胁”就是倾销。而“正常价值”、“实质性损害和实质性威胁”难以界定和量化，这很容易被一些国家加以歪曲和用来征收反倾销税。
2．总协定中存在着“灰色区域”，致使许多规则难以很好地落实。所谓“灰色区域”是指缔约国为绕开总协定的某些规定，所采取的在总协定法律规则和规定的边缘或之外的歧视性贸易政策措施。这种“灰色区域”的存在，损害了关贸总协定的权威性。
3．总协定的条款中对不同的社会经济制度带有歧视色彩。例如，对“中央计划经济国家”进入关贸总协定设置了较多的障碍。
4．总协定解决争端的机制不够健全。虽然关贸总协定为解决国际商业争端建立了一套制度，但由于总协定解决争端的手段主要是调解，缺乏强制性，容易使争端久拖不决。
5．允许纺织品配额和农产品补贴长期存在，损害了总协定的自由贸易原则。
