调查可以采取书面问卷、召开听证会、实地调查、委托调查等方式进行，必要时，可以在征得有关国家(地区)政府同意后，派出工作人员赴该国进行调查取证。在调查过程中，商务部将可以就被指控措施或做法与有关国家(地区)政府进行磋商。发生以下情况，商务部可以决定中止调查：①被指控措施的实施国(地区)政府承诺在合理期限内取消或调整该措施的；②被指控措施的实施国(地区)政府承诺在合理期限内向我国提供适当的贸易补偿的；③被指控措施的实施国(地区)政府承诺履行贸易条约或协定的义务的；④商务部认为可以中止调查的其他情形。中止调查的，亦应发布公告，并立即通知利害关系方。被指控措施的实施国(地区)政府未在合理期限内履行承诺的，商务部可以恢复调查。
贸易壁垒调查应当立案决定公告之日起6个月内结束；特殊情况下可以延长，但延长期限不得超过3个月。
通过调查，商务部根据调查结果提出调查报告或者作出处理裁定，并发布公告。如果被指控的措施或做法被认定构成贸易壁垒，商务部视情况采取如下措施：进行双边磋商、启动WTO多边争端解决机制或采取其他适当措施。
