一、出口退税期滞后。由于 出口退税 期的不断变化， 出口退税 款迟迟不能到位，对出口企业尤其是对以出口为主的外贸企业来说，退税款被长期拖欠，企业资金无法正常运转，有的甚至只能靠银行借贷来维持，导致银行出口退税逾期，已经严重影响到银行的资产质量。
二、法律地位问题。从法律上讲，出口退税不是有效的担保，也就不具备抗拒第三方的功能。企业一旦破产或涉嫌偷骗税，这笔贷款就无法偿还。企业取得贷款后，如与第三方发生经济纠纷并诉诸法律时，该企业的出口退税账户可能被法院冻结，造成贷款无法偿还，使得银行的不良贷款率上升。
三、出口退税托管贷款期限短。出口退税托管贷款是企业凭有效的欠退税单据作为抵押，向商业银行申请贷款，但按照国家 规定 ，质押贷款最长期限是一年，虽然托管贷款是以税收作为担保，但由于目前退税款偿还越来越慢，从半年延长为一年，甚至超过一年。
四、利息偿还问题。利息部分由各地财政贴息80%，余下的20%由企业自付，但很少有地方财政能够拿出钱来为出口企业贴息。因此，银行担心贷款发放后会因利息问题而引发纠纷，从而增加不良贷款的比率。
五、退税证明出具问题。由于出口退税托管贷款需要提供有关部门的退税证明，而这项证明的出具有的是外经贸部门，有的是税务部门，有的是地方政府，标准很不统一，交易程序的复杂性使得银行对发放该项贷款态度谨慎。
