对政府采购资金的管理包括对在代理银行开设资金专用账户的管理以及对政府采购资金运行过程的管理两部分。
政府采购资金要由财政国库管理机构按规定在代理银行开设用于支付政府采购资金的专户。中国人民银行国库部门负责对商业银行办理政府采购资金划拨业务的资格进行认证，财政部门根据采购资金的实际支付情况，对认证合格的商业银行通过招标形式确定政府采购资金划拨业务的代理银行。
政府采购资金的运行过程可以分为政府采购资金预算、政府采购资金的集中、政府采购物资的验收、采购资金的支付以及采购资金的会计核算五个阶段。
政府采购资金预算是预算单位根据财政部门每年制定的《政府采购品目》所规定的范围，结合单位实际业务编制本单位的政府采购预算。
政府采购资金的集中就是对集中采购部分，在财政全额直接拨付的方式下，为了将采购资金统一由财政部门直接支付给供应商，按照规定，将财政性资金和单位自筹资金向政府采购资金专户的汇集储备。
政府采购物资的验收是指在政府采购资金支付之前对政府采购活动的最终成果进行的评检和接收。
采购资金的支付是指采购主体对所采购的货物、工程和服务验收合格后，按照合同规定将政府采购资金支付给供应商。
采购资金的会计核算是指在政府采购资金支付给供应商后，政府与非营利组织会计进行支出报销的会计核算。
