政府采购是财政支出改革的重要举措之一，是供需双方合法利益的有效保证手段。政府采购机构是合法的组织者，要按照《政府采购法》的要求规范实施采购行为，满足采购人的合理需求，同时也要保证供应商的合法利益不受侵害。然而，由于资金审核制度和政府采购专款专用管理制度方面仍存在缺陷，导致采购中心对资金管理无能为力，有些采购中心没有政府采购资金的管理权，涉及预算单位采购项目时，先由各分管的财政主管部门审定该项目的可行性，决定其是否可以纳入计划内款项，审定以后，再由采购监管部门负责采购人申报的采购项目资金情况审核，账户上有资金即予以下达采购计划，而不管其是否被挪用，这些问题的存在使得政府采购面临尴尬局面。
(一)专款专用实施困难的主要原因
政府采购当事人都知道及时付款的重要性，它是政府采购形象树立的基础性保障，是法律得以正常实施的重要保证。目前绝大部分采购中心在合同款项的支付方面是成功的，有许多经验可以吸取，但依然有少数地方在资金支付问题上存在薄弱环节，究其原因主要体现在以下几个方面：
(1)财政资金紧张，政府采购预算不能执行。有些经济欠发达地区的财政收入极其有限，部分地区为了搞政绩工程，不惜大兴土木，留下许多政府债务。新的工程还要上马，老债尚未偿还，恶性循环的态势越来越严重。这些投资项目绝大部分是经过政府采购或者工程招标投标的，于是矛盾集中反映在政府采购层面上，财政部门不能解决此问题，根本没有资金搞政府采购预算，即使有了预算制度而且严格执行编制项目，也无法实现预算资金的及时划拨，实行政府采购专款专用制度便无从谈起。
(2)监管工作缺乏创新力度。针对客观存在的付款困难的实际情况，监管部门要及时调整工作思路，创新工作机制，发现问题，解决问题，不能有任何畏难情绪与保守思想。然而，少数监管机构的行政不作为确实变相纵容了或者说扰乱了政府采购秩序，付款问题不能及时解决就是一个活生生的例证，不是不能为而是不作为，在这种环境下政府采购诚信制度就面临着挑战。
(3)采购机构不能进行采购资金的审核结算，却承担了供应商不能及时付款的责任压力。现在有一种倾向，凡是涉及资金审核的就得由财政部门说了算，但由于采购中心是采购项目的组织者，一旦供应商不能及时取得工程款，往往都归罪于采购中心，采购中心其实是替监管机构“背黑锅”。从具体的政府采购业务角度而言，付款审核应该是采购中心份内的事情，各地的积极探索也证明这种机制是有效的。但全国范围内还有不少采购监管部门继续把持资金的审核结算关，甚至出现一些极端的行为。采购中心负责合同资金的审核给付，要与政府采购的专款专用制度紧密联系在一起，要确保政府采购资金到位，否则将失去依托的基础。采购中心负责政府采购，履行合同付款的职责，可以有效解决采购资金出口问题。只有充分担当起应有的政府采购职能，才能分清执行与监管的职责，理顺工作关系。
(4)对采购人延期或故意拖延付合同款行为缺乏有效的处罚手段。政府采购监管要体现在相关制度的制定与严格执行方面，针对实际问题要及时研究具体、可行的方案，对违法行为进行预防性的全面监控，解决政府采购操作工程中面临的迫切需要解决的问题。对采购人的权力控制是《政府采购法》凌忽或者说过于概念化而缺乏操作性的薄弱环节。针对不付款的处罚措施只是责令改正。财政部门为了处罚其不能及时付款而停止一切财政拨款，致使其正常的行政职能因为缺乏资金而无法开展，这样的处罚措施实行起来难度很大。
(二)解决政府采购付款困难的方案
(1)制定针对采购人行为进行控制的规章制度，全面约束采购人的不规范行为，维护政府采购的权威与秩序。根据《政府采购法》的框架性规定，在取得当地政府支持的前提下，以政府发文的形式对采购人的不规范行为进行制度约束，通过政府采购的形式对政府的政绩工程进行制度约束，以法代言，特别是对采购人不规范的付款行为要作出明确而具体的规定。合理安排资金调度，保持政府采购的计划与政府项目实施的统一性，减少无原则的乱摊派安排，同时考虑到不可预见性因素，要留足一定量的后备资金，以便统筹安排一些项目，保证公共支出资金能够满足国家政策的需要。
(2)结合国库支付改革，建立政府采购专款专用制度，探讨制度可行性的方式和方法，吸取各地成功的经验与教训，并在实际工作中严格执行这项规章制度。专款专用制度虽然在执行时有一定的难度，但不要有任何畏难情绪，制度的规范是靠做出来的，而不是想出来的，可以说困难只是暂时的现象，一旦严格执行形成定式后，推广起来就没有任何困难了。设立政府采购专款专用制度，规定所有采购项目在提出采购申请时，必须把项目预算款交付到指定的账户上，凭借收款凭证，监管部门才能下达政府采购计划，由采购中心分步骤实施。
(3)调整付款审核制度。政府采购付款作为业务工作的组成部分，本来应该由采购中心负责办理，这样一来才能从体制上理顺专款专用制度的实施基础。但目前只有很少的采购中心承担了这方面的义务，体制问题是政府采购要面对的重要课题，体制不顺就会浪费有限的采购资源。从监管部门不得干涉政府采购具体业务的角度来说，应该由采购中心负责合同的审核与支付，未按此体制运行的要及时改正，返归正途，监管部门负责监督付款过程，设置监管平台，保证权力控制，保证供应商的权利不被剥夺。
