应急物流系统的目标就是以最短的时间、尽可能以低的成本获得所需要的应急物资，以适当的运输工具，把应急物资在适当的时间运送到适当的需求地，并以适当的方式分发到需求者手中。应急物流的特点决定了应急物流系统具
有如下特殊的设计原则：
1. 应急物流系统的事前防范与事后应急相结合。
应急物流需求的事后选择性，决定了一个高效率的应急物资信息系统和应急运输工具信息系统应该成为应急物流系统的组成部分。在突发事件暴发前，建立全国范围的以应急物资和应急运输工具为主题的大型的信息系统或数据仓库，对于突发事件暴发后，应急物流系统的高效运转具有重要意义。
2. 时间效率重于经济效益。
应急物流的突发性、流量不均衡性和时间约束的紧迫性决定了在应急物流系统的设计中时间效率重于经济效益。应急物流系统要对应急物资的采购机制、运送机制进行设计，对各种运载工具的运输能力、运输路径和运送方案进行比较并给出满意方案。应急物流系统设计还应包括运用GPS、GIS等手段对运输过程进行控制调度。
3．市场机制与行政机制、法律机制并存。
应急物流多是针对突发性的灾难性的自然或社会公共危害而进行的物流活动，是整个社会公众或社会公众的一部分，所以在应急物流系统的设计中不仅依靠市场机制更要依靠行政机制和法律机制。
