流通机制除了以上积极的一面以外，还有它的缺陷，这就是：
（一）流通机制只能对商品流通的微观平衡起自动调节器的作用，而不能主动地导致整个国民经济的宏观平衡
这是因为：总需求和总供给的平衡，是以消费、储蓄、投资等总量的平衡为条件。这种宏观平衡若只通过自由竞争必然带来一定的盲目性，会导致企业的一哄而散。资本主义自由流通体制，经常存在大量的失业和需求不足，特别是周期性的经济危机，就是一个很好的证明。局部的有组织性掩盖不了整个社会的盲目竞争及经济运行的大起大落，这是市场流通体制最根本的弱点。
（二）流通机制是以市场主体追求局部利益为动力的
局部利益的存在，企业才会行动，局部没有利益或近期没有利益，企业就不会行动。然而，整个社会的经济运行，在许多部位、许多环节、许多场合，利益机制不一定直接发挥作用，例如，公共道路、防洪、大气污染、基础研究、教育、出版等，局部利益就不一定与整体利益协调，这就需要有其他手段来协调。所以市场流通机制在许多场合、许多环节常常是调节不了或调节不好的，它并不是一种万能的机制。
（三）流通机制有利于竞争，而竞争的结果必然导致垄断
我们把这种现象叫作市场异化，市场异化是市场流通机制运行的一个内在矛盾，它自身无法克服。市场异化使生机勃勃的市场局面变为停滞和腐朽，因此，要使市场流通机制有效地发挥作用，必须对市场异化予以矫正。
