基于市场机遇而构建的供应链系统实际上是一个复杂自组织系统，组成供应链的成员是利益独立的企业，受到外部市场的物质、能量与信息等刺激而产生竞争与协作。成员之间的这种竞争和协作是一种自组织行为。在此过程中，成员的个体行为与决策相互影响，引起供应链中物质、能量与信息流的波动，并使系统资源(利益)在成员之间得以配置。因此，供应链的协调具有高度的复杂性，需要解决的问题很多，这里提出有待进一步研究的问题如下:
（1） 供应链成员行为的研究 由于供应链中的合作关系是长期的，成员之间的竞争与博弈是动态的，成员的行为与决策会相互作用与影响，因此，要得到更合理的分配关系和更有效的协调策略，必须使用博弈学习模型进行更深入的研究。
（2） 成员信用管理与评价机制的研究 目前普遍存在信用危机，且缺乏有效的信用管理手段，而对成员信用进行有效的跟踪与管理是维护联盟秩序、控制和降低运行风险、保障联盟稳定运行的必要条件。
（3）多级多周期供应链的协调 涉及到多级供应链中的供应策略以及如何保证协调策略的独立性，即消除相邻节点间供应策略对其他节点的影响等问题。另外，对成员行为的后效性必须进行合理考虑，即多周期供应链的协调问题。
（4） 成员的谈判/讨价还价能力以及博弈各方效用函数的量化 谈判能力决定了成员在联盟中的地位和对联盟决策的影响力，而一旦定量确定效用函数计算方法，联盟的组建(盟员选择)、运行协调(盟员企业之间的博弈)、利益分配、成员更替、联盟解体等问题均可得 到基本解决，这将大大增强供应链的实际可操作性。
