供应链金融虽然在结构上具有较强的科学性和可行性，但是由于供应链金融参与主体较多、融资模式灵活、契约设计复杂，其运作也存在一定风险。
1.核心企业道德风险。核心企业因规模较大、实力较强，在供应链金融中是决定风险的特异性变量。通常核心企业与供应链中的中小企业互利互惠，可以将中小企业的边际信誉提高到与核心企业同等的水平。但是，如果核心企业出现道德风险，利用其谈判中的优势地位，在交货、价格、账期等贸易条件上对上下游中小企业采取有利于自己的行为，以实现短期效益最大化，则会导致供应链上中小企业的资金紧张，迫使中小企业向银行融资以维持其基本运作。一旦中小企业获得银行融资，供应链资金紧张状况得以缓解。核心企业可能进一步挤占中小企业资金。如果由此积累的债务负担超出中小企业的承债极限，核心企业就会由控制风险的变量转变为供应链系统性风险的?震源?，使得供应链出现不稳定，带来相应风险。
2.物流企业渎职风险。在供应链金融中，物流企业是链接金融机构、中小企业和核心企业多方参与主体的纽带。订单形式的需求信息、货物形式的监管标的、担保形式的金融服务等都通过物流企业在供应链上层层传递。一般而言，物流企业的引入有助于供应链金融的风险控制。但是，在物流企业准入不严的情况下，供应链金融的货押监管变量可能转化为一个新的风险隐患。比如出现监管方渎职、与中小企业的合谋诈骗或与核心企业发生纠纷等等，则必然影响供应链金融的有序循环，使供应链金融的风险管理得不到无缝衔接，严重时将使整个供应链金融中断或者崩溃。
3.中小企业物权担保风险。供应链金融作为针对中小企业的授信类产品，其最大特点是强调授信的自偿性，通过对物流、资金流、控制技术的结构化运用，规避了因中小企业资信、实力不足所蕴涵的信用风险。鉴于此，供应链金融弱化了主体评价的权重，对受信主体的资质要求门槛较低；而强化债项评价的权重，对预付账款、存货、应收账款等广义的动产担保物权更为重视。预付账款、存货、应收账款等广义的动产担保物权，作为供应链金融业务的授信支持性资产，是重要的直接或间接还款来源。如果对中小企业此类广义的动产担保物权选择不慎，供应链金融将面临较高的信用风险。
4.供应链金融的操作风险。在供应链金融中，银行需要根据供应链的具体信息来量身定做金融服务，设计多元化的契约，以协调各参与主体之间在物流、资金流、信息流等方面的权利和义务，这其中业务操作的规范性、合法性和严密性是供应链金融风险控制的重要保障。而供应链金融参与主体较多，每个主体都是独立经营的经济实体，当供应链结构日趋复杂、规模日益扩大时，供应链上发生错误信息传递的机会也随之增多。在银行扩大供应链金融服务范围，提供更加灵活金融产品的形势下，如果对于贷前、贷中和贷后的契约设计不完善或有问题，供应链金融操作过程、人员、信息或外部事件不能得到准确有效地管理和配臵，将可能引发操作风险，进而影响供应链金融中银行债权的有效实现。
