在供应链金融业务的具体运作中，伴随着资金、货物(商品)，单证(仓 单)等的流动，关系到银行，物流企业，客户多方利益，因而在给各方带来诸多好处的同时，也存在着信用风险，市场风险、运营操作风险和法律风 险等各种潜在风险．因此，参与各方如何结合风险来源加强相应的风险管理，有效控制风险，是供应链金融业务能否成功的关键。
首先，物流企业与银行应信息共享、充分合作．加强对客户的信用管理。物流企业发挥其掌握客户及质押物第一手资料的优势，银行利用其信用评估和风险控制的方法，建立对客户的资料收集制度、资信调查核实制度、资信要案管理制度、信用动态分级制度、合同与结算过程中的信用风险防范制度、财务管理制度等一系列制度，对客户进行全方位信用管理，形成互动的监管和控制机制。
其次，建立灵活快速的市场商品信息收集和反馈体系，规避产品市场风险。买方市场时代，产品的质量、更新换代速度、正负面信息的披露等，都直接影响着质押商品的变现价值和销售。因此，物流企业和银行应根据市场行情正确选择质押物，开设定合理的质押率。一般来讲，选取销售趋势好。市场占有宰高、实力强、知名胜高的产品作为质押商品，并对其建立销售情况、价格变化趋势的监控机制，及时获得真实的资料，避免由信息不对称引起对质押货物的评估失真，控制市场风险。
第三，加强对客户资信质押货物的监管，完善内部操作管理规范，防范运营操作风险。具体地说，物流企业要不断提高仓库管理水于和仓管信息化水平，并制定完善的办理质物入库、发货的风险摔制方案，加强对质物的监臂能力。根据服务方式的不同，物流企业和银行都应有针对性地制定严格的操作规范和监管程序，杜绝因内部管理漏洞和不规范而产生的风险。
最后，明确各方的权利义务，降低法律风险．因为供应链金融业务涉及多方主体，质物的所有权在各主体问进行流动，很可能产生所有权纠纷，加之该业务开展时间较短，目前还汲有相关的法律条款可以遵循，也没有行业性指导文件可以依据，因此，在业务开展过程中，各方主体应尽可能地完善相关的法律合同文件，明确各方的权利义务，将法律风险降至最低。
