目前，供应链金融尽管在很大程度上减少了中小企业受信中的道德风险。但是，由于供应链融资中的中小企业自身抗市场风险能力较弱，且供应链金融参与者众多，而且可能涉及不同的产业、技术领域，其运作存在的一些潜在风险不容忽视。
（一）是供应链自身风险。包括两个方面：一方面是由于参与者众多而内生的混乱和不确定因素。供应链由于参与者众多，受到诸多内外因素的影响，混乱和不确定成为市场的主要特征，需求波动加剧，产品与技术的生命周期明显缩短，引入竞争性产品使生命周期更加难以预测，受到销售促进、季节性刺激和再订货数量等因素的影响，供应链易产生大量的混乱。另一方面是供应链风险的自发扩散。由于供应链金融的信用基础是基于供应链整体管理程度和核心企业的管理与信用实力，因此，随着融资工具向上下游延伸，风险也会相应扩散，如果供应链上某一成员出现了融资方面的问题，其影响会迅速地蔓延到整条供应链，而核心企业作为供应链的最大受益者一定会受到最大的影响。
（二）是运营风险。由于供应链融资要提供多样化服务，而且客户的需要也不尽相同，因此，银行需要根据不同客户的具体信息来量身定做金融服务。同时企业各部门考虑重点不同，也会给银行的工作带来各种阻碍，特别是在供应链融资和服务过程中，企业销售部门希望能增加销量，决策部门则要求保证现金流周转速度，资金管理部门则希望能保证安全性，这就要求银行要能提供更加灵活的产品和服务。在扩大供应链金融运营范围，提供各种服务过程中自然放大了各种风险隐患。
（三）是企业信用风险。针对银行信用风险及企业的诚信往往存在两个方面的问题：中小企业在采购、生产、销售数据等方面，可能对银行采取虚假或不实信息的行为，使银行无法获得真实数据，难以有效采取相应的管理措施，无法降低资金的使用风险；供应链金融的主办或开户银行可能无法独立完成对供应链所有企业相关数据的调查和分析，也就难以利用自身的专业优势对企业的行业发展前景作出全面、准确的判断，从而不能准确了解供应链的整体情况，这将使其无法根据供应链成员的决策和经营，调整相应的信用贷款或服务方案。
（四）法律风险。明确各方的权利义务，降低法律风险。因为供应链金融业务涉及多方主体，质物的所有权在各主体间进行流动，很可能产生所有权纠纷；加之该业务开展时间较短，目前还没有相关的法律条款可以遵循，也没有行业性指导文件可以依据。因此，在业务开展过程中，各方主体应尽可能地完善相关的法律合同文本，明确各方的权利义务，将法律风险降低到最小。
