在供应链的设计过程中，应遵循一些基本的原则，以保证供应链的设计能满足供应链管理思想得以实施和贯彻。
(1)自上而下的设计和自下而上的设计相结合的设计原则。
在系统建模设计方法中，存在两种设计方法，即自上而下和自下而上的方法。前者是从全局走向局部的方法，后者是一种从局部走向全局的方法；自上而下是系统分解的过程，而自下而上则是一种集成的过程。在设计一个供应链系统时，往往是先由主管高层做出战略规划与决策，规划与决策的依据来自市场需求和企业发展规划，然后由下层部门实施决策过程，因此供应链的设计是自上而下和自下而上的综合。
(2)简洁性原则。
简洁性是供应链的一个重要原则。为了能使供应链具有灵活快速响应市场的能力，供应链的每个节点都应是简洁而有活力的，能实现业务流程的快速组合。比如供应商的选择就应以少而精的原则，通过和少数供应商建立战略伙伴关系，以有利于减少采购成本，实施JIT采购法和准时生产。生产系统的设计更是应以精益思想(LeanThinking)为指导，从精益的制造模式到精益的供应链是我们努力追求的目标。
(3)集优(互补性)原则。
供应链的各个节点的选择应遵循强一强联合的原则，从而达到实现资源外用的目的。每个企业只集中精力致力于各自的核心业务过程，就像一个独立的制造单元(独立制造岛)，这些所谓单元化企业具有自我组织、自我优化、面向目标、动态运行和充满活力的特点，能够实现供应链业务的快速重建。
(4)协调性(协作性)原则。
供应链绩效好坏取决于供应链合作伙伴关系是否和谐，取决于供应链动态连接合作伙伴的柔性程度。因此，利用协作性原则建立战略伙伴关系的合作企业关系模型是实现供应链最佳绩效的保证。和谐是描述系统是否形成了充分发挥系统成员和子系统的能动性、创造性及系统与环境的总体协调性的。只有和谐而且协调的系统才能避免各个节点企业产生利益本位主义而动摇组成系统的各个节点企业之间的关系，从而发挥最佳的效能。
(5)动态性(不确定性)原则。
不确定性在供应链中随处可见。这是在研究供应链运作效率时都提到的问题。由于不确定性的存在，导致需求信息的扭曲，因此需要预见各种不确定因素对供应链运作的影响，减少信息传递过程中的信息延迟和失真。降低安全库存总是和服务水平的提高相矛盾的。增加透明性，减少不必要的中间环节，提高预测的精度和时效性对降低不确定性的影响都是极为重要的。
(6)创新性原则。
创新设计是系统设计的重要原则，没有创新性思维，就不可能有创新的管理模式，因此在供应链的设计过程中，创新性是很重要的一个原则。要产生一个创新的系统，就要敢于打破各种陈旧的思维框框，用新的角度、新的视野审视原有的管理模式和体系，进行大胆的创新设计。
进行创新设计，要遵循几点原则：一是创新必须在企业总体目标和战略的指导下进行，并与战略目标保持一致；二是要从市场需求的角度出发，综合运用企业的能力和优势；三是发挥企业各类人员的创造性，集思广益，并与其他企业共同协作，发挥供应链整体优势；四是建立科学的供应链、项目评价体系和组织管理系统，进行技术经济分析和可行性论证。
(7)战略性原则。
从核心企业战略发展的角度设计供应链，有助于建立稳定的供应链体系模型，因此，供应链的建模应有战略性观点，通过战略性观点考虑减少不确定的影响。从供应链的战略管理的角度考虑，我们认为供应链建模的战略性原则还体现在供应链发展的长远规划和预见性上。供应链的系统结构发展应和企业的战略规划保持一致，在企业战略指导下进行。
