供应链金融风险是指商业银行和第三方物流公司在对供应链企业进行融资过程当中，由于各种事先无法预测的不确定因素带来的影响，使供应链金融产品的实际收益与预期收益发生偏差，或者资产不能收回从而遭受损失的可能性。主要有以下几种分类：
1.信用风险
客户的业务能力、业务量及商品来源的合法性，对物流企业来说都是潜在的风险。如：客户的商品来源是走私商品，则该商品存在被罚没的风险；客户对商品不具有完全的取得资格，则该商品存在非法性。这些都会给物流企业带来不可估量的风险。再如：客户资信不佳，在今后的操作中可能存在种种不良行为，如在滚动提取货物时提好补坏，则物流企业有坏货风险；客户将商品以次充好，则物流企业存在商品质量风险。此外，还要考察客户企业的资产负债率，如果客户企业的资产负债率太高，客户企业存在破产的可能。
2.市场风险
由于市场价格的波动和金融汇率的变化，会造成质押物在某段时间的价格随时发生变化，从而造成质押物变现能力的改变，并不是所有的商品都适合作仓单质押。对于那些应用不广泛、不易于处置、易变质、价格波动大的商品作质押品会存在较大的风险。如：商品在质押期间，市场价格大幅下降，可能会出现贷款额高于质押物价值的现象，使贷款企业产生赖债的动机。因此在开展仓单业务时，物流企业一定要对货主企业的质押商品究竟适不适合质押做出判断。
3.法律风险
法律缺失致使仓单质押业务面临风险。如我国现行《担保法》等相关法律法规，对动产质押有效性、排他性的规范条款过于原则化，在一定程度上存在概念模糊及操作困难。这方面的风险也表现在货物的所有权问题和合同的条款规定上。货物的所有权在各主体之间进行流动，很可能产生所有权纠纷。另外，目前我国与仓单质押相关的法律法规尚不完善，除了《担保法》等相关条款外，也没有行业性的指导文件。仓单操作程序完备与否也会引起法律风险。我国《合同法》规定：“仓单是提取仓储物的凭证”。仓单转移，仓储物的所有权也随之转移。所以，仓单操作程序完备与否将影响到银行、借款人和物流企业三方当事人的权利与义务，可能引起质押物所有权的法律纠纷。主要表现在两个方面：一是仓单方面。仓单是质押贷款和提货的凭证，是有价证券，也是物权证券。但目前仓库所开的仓单还不够规范，如有的仓库甚至以入库单作为质押凭证，以提货单作为提货凭证。二是程序方面。物流企业工作人员在对仓单操作时没有执行严格的程序，也将导致质押物所有权的法律纠纷，给物流企业带来风险。
4.操作风险
商品监管方面。由于仓库同银行之间的信息不对称、信息失真或信息滞后都会导致任何一方决策的失误，造成质押商品的监管风险。目前，多数物流企业管理粗放、设备陈旧、信息化程度低，造成监管脱节。另外，在异地仓库质押监管中，由于用于质押监管的仓库有可能是第三方仓库或是客户自身仓库，所以给物流企业质押监管带来了更大的风险。如：同一商品重复质押的风险、质押商品被非法挪用的风险等。
内部操作和管理风险方面。目前我国的物流业正处在从传统物流向现代物流发展的过程中，许多物流企业的信息化程度很低，还停留在人工作业的阶段，这无形中增加了内部人员作案和操作失误的机会，形成管理和操作风险。如：某些内部工作人员与货主企业合谋，伪造仓单，允许货主企业私自提货等现象，将严重损害银行和物流企业的利益。
