治理是一系列活动领域里的管理机制，它虽未得到正式授权，却能有效发挥作用。在科层组织与市场中，治理机制都居于核心的地位，在供应链这种介于科层和市场中间的组织形态中，治理机制同样居于核心地位。
然而，供应链在带来资源共享、快速反应、成本降低等好处的同时，也面临着巨大的管理挑战。由于供应链打破了传统科层组织机构的界线，是一种介于市场与科层中间的网络组织，因此，供应链的治理机制不同于市场机制和单个企业的机制。供应链节点企业间的关系既不是纯粹的市场交易关系，也不是单一企业内部部门间的关系，供应链实体成员对等，无法通过上级命令来解决各种冲突问题，而且由于供应链具有动态性、网络性、虚拟性等特点，使得供应链治理与科层组织相比，可能存在“管理断层”，即科层制下的单一企业有可能在本企业实行完全的控制，而在供应链中只可能实行部分控制，管理的断层极其需要一种合适的“管控软件”即治理工具。这个治理工具应从系统的观点出发既关注组成供应链的单个节点企业的治理，也要关注供应链节点企业间的治理，特别是供应链节点企业间的治理更为重要。
