对货运发票的作废的操作，《国家税务总局关于使用新版公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》(国税发[2006]67号)规定为“在填开和打印时发现有误的，可即时作废，并在废票全部联次监制章部位作剪口处理，在领购新票时交主管税务机关查验”。
纳税人需要注意的是，此项条款已经作废，在以后进行货运发票作废操作时要遵照新规定。本次《通知》规定，在开具货运发票的当月，发生取消运输合同、退回运费、开票有误等情形，开票方收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。
《通知》规定了作废发票必须数据处理和纸质处理同步，作废货运发票必须在公路、内河货物运输业发票税控系统(以下简称货运发票税控系统)开票软件(包括自开票软件和代开票软件)中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质货运发票(含未打印货运发票)各联次上注明“作废”字样，全部联次监制章部位作剪口处理，在领购新票时交主管税务机关查验。
作废发票必须同时具有以下情形：
(1)收到退回发票联、抵扣联的时间未超过开票方开票的当月；
(2)开票方未进行税控盘(或传输盘)抄税且未记账；
(3)受票方为增值税一般纳税人的，该纳税人未将抵扣联认证或认证结果为“纳税人识别号认证不符”(指发票所列受票方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符)、“发票代码、号码认证不符”(指机打代码或号码与发票代码或号码不符)。不符合条件的，不得进行作废操作。
