目前应用于供应链管理的成本管理方法有很多，其中研究最为广泛的几种方法分别是：目标成本法、作业成本法和生命周期成本法。
目标成本法
目标成本法是丰田（TOYOTA）在60年代开发出的成本管理方法，这一方法目前已经得到了广泛采用。目标成本法的目的在于将客户需求转化为所有相关流程的强制性竞争约束，以此来保证将来的产品能够创造出利润。
目标成本法的流程主要包括三个部分：在第一个部分，市场驱动型成本核算是确定产品的准许成本。这是产品在预期销售价格下销售，并且保证一定利润水平时所能发生的最高成本，准许成本是由目标销售价格减去目标利润得到的；第二个部分就是确定可完成的产品层次的目标成本；第三部分就是设定产品包含的每个组件的目标成本。
购货方的组件层次的目标成本决定了供应商的销售价格，从而就将它面临的市场竞争压力转嫁给了供应商。因为这种压力是通过组件转移的，因此为供应商成本降低工作的重点指明了方向。其结果就是购货方与供应商共同合作，进行成本管理工作。正是因为这种携手合作对于目标成本法效果的重要性，导致了目标成本法真正成为一种跨企业成本管理的技术。其跨企业含义主要体现在以下三个方面：第一，购货方必须设定可完成的组件层次的目标成本。如果供应商认为组件层次的目标成本无法完成，那么会降低他们努力的积极性。第二，购货方必须选择适当的方法对供应商应用目标成本法。这个问题的核心在于他们在设置成本降低目标和如何完成它们时是否给予供应商足够的自由空间。第三，购货方可以设置激励系统来激发供应商的创新能力和提高成本降低率。
作业成本法
作业成本法(Activity-based Costing) 以作业为成本核算对象，基于这样的理念：作业消耗资源，产品和服务耗费作业。其目标是将成本动因引起的资源消耗更合理地分配到产品或服务中去。企业可以通过作业成本法识别出那些与最终顾客的效用无关的作业，并通过减少或完全剔除这类无增值作业来降低成本，这样企业就可以更好地对市场需求做出反应并增强自身的竞争力。
供应链成本主要包括企业内部发生的直接成本、间接成本以及企业间的交易成本。因此，供应链作业成本法应该站在供应链的视角上，以作业和交易为基础分析间接费用来优化产品或服务的总成本。企业内部的间接成本以作业为成本动因进行分析，而企业间的间接成本（交易成本）就需要以企业间发生的各种交易行为，如谈判、买卖等，为基础进行分析。
生命周期成本法
目前，对于生命周期成本法还没有达成统一的理解，大多是依据Kenneth Blanchard和Wolter.J.Fabrycky的定义，“生命周期成本是指在系统的生命周期中与该系统相关的所有成本”。在生命周期成本法系统中，产品使用者承担的成本（包括使用成本和周期结束成本）负责补充传统上由产品生产商所承担的成本。并且除了考虑实物流程及其相关物资和能源流动（LCI）的成本外，还要考虑劳动力和使用知识（如专利）的成本以及交易成本（如信息流）。例如，在生命周期中需要考虑产品的开发成本。
在采用生命周期成本法下，就可以确定产品开发、生产、使用、周期结束所产生的所有成本，并据此识别生命周期和供应链中的成本驱动因素和其悖反关系，以开发和生产最小总成本的产品。
改善成本法
改善成本法（kaizen costing）是供应链上各企业在产品生产阶段的最主要的成本约束机制。改善成本法也是一种前馈型的成本管理方法，它是通过预期的成本降低需要来制定产品成本的降低目标，而不是当成本超标已经发生后才做出反应。并且，通过改善成本法的实施，可以使成本降低压力持续于整个的产品生命周期。
将改善成本法局限于某个企业内部，将忽视供应链上游和下游企业进一步节约成本的潜力。改善成本法在供应链上各企业间的跨组织应用是通过大量的信息共享和合作机制，挖掘所有的成本降低机会。改善成本法可以看作是目标成本法在产品生产阶段的延伸，在跨组织成本管理中改善成本法的应用与目标成本法有一些相似之处。
首先，改善成本法同样是一种需要购货商和供应商共同合作的成本管理方法。在产品生产过程中，供应链上的所有成员企业都将共同实施改善成本法。这种合作使得企业可以实现在单独进行成本管理时所不能达到的成本节约。改善成本法的跨组织应用既可以由购货商发起，也可以由供应商发起。例如，购货商可以向供应商委派设计工程师或提供技术支持；供应商可以在购货商的配合下寻求新的部件设计方法。
第二，“价格传递机制”在改善成本法中依然有效。购货商的改善成本管理体系同样可以通过确定供应商的改善成本降低目标，将市场压力传递给它的供应商。所以，制定合理的改善成本降低目标是至关重要的，否则“价格传递机制”将失去效用。但是，在改善成本法中，购货商并不是针对于降低某一特定产品的成本，而是对所有的外包部件规定一个统一的成本降低比率。所以，供应链的改善成本管理在企业之间是相关联的，而不是像目标成本管理那样在相关企业间实现首尾连接。
