这种集装箱船的主要特点是，将船其中的一部分货舱设计成为永久性装载集装箱的专用货舱，其它船舱为装载其它货物的货舱。半集装箱船的集装箱专用舱，也设有导箱轨，以便将集装箱固定住。通常将集装箱专用舱布置在最适合装载集装箱的船体中央部位，又把它称之为分载型船。
由于半集装箱船将集装箱与普通杂货装载在同一艘船上，所以装载的集装箱数量不多，且在船上配备有起重设备。在装卸船作业中，往往将集装箱很快装卸完毕，而其它货舱的普通货物的装卸作业还远没有结束。这种船在集装箱专用码头将集装箱装卸完毕后，当再装卸普通货物时还存在船舶的移泊问题。因此，这种运输船舶存在着营运率不高的缺点。
