缺乏健全物流信息平台
城市虚拟物流的发展离不开物流信息化建设。近年来，随着我国城市物流行业的不断发展，城市物流的信息化水平也已经有了显著的提高。部分城市也已经建立诸如“物流信息网”等形式的简单的物流信息平台，但是其功能单一、信息安全和保密性差，与发展城市虚拟物流体系的要求还存在很大差距。
缺乏潜在用户群的理解
虚拟物流作为物流行业的发展前沿，其理论认识尚且没有统一。但就当前对虚拟物流普遍认识来说，虚拟物流参与方往往没有自己的仓库、车队等显性资源，有的只是信息、知识、方案等隐性资源。因此部分参与方由于没有显性资源而得不到需求方的理解和接受。此外，由于全国范围内已成功实施虚拟物流的具体案例也非常少，再加上业界对物流宣传力度不够，导致在今后一段时间内虚拟物流很难让用户群完全理解和接受。
物流标准化建设不完善
发展城市虚拟物流体系的关键就在于整合城市现有的物流资源，这就要求具备完善的物流标准化体系。当前我国城市物流行业低标准造成了社会资源浪费与物流相关的现有产业标准体系起步较低，缺乏系统性，问题突出表现在托盘、包装、信息技术等通用技术设备与标准上面。另外，产业间的标准难统一，制约了物流各相关产业间的统一性和协调性。
运筹管理人才匮乏
显然物流虚拟化需要更高层次的管理人才，要求他们要具有基本的运输仓储行业知识、生产服务管理知识，电子通讯网络知识以及运筹学、统计学等高级理论和知识外，特别要具有较强的协调能力和统一指挥调度能力。目前，这样的高级人才在我国还相当匮乏，这是迈向物流虚拟化的最大的也是最根本的困难。
