物流运营组织设计是物流组织的建立过程或改善过程。它不仅包括进行社会物流高层次决策组织体系、生产物流组织体系、专业物流职能管理组织体系的设计，还要根据设定的物流组织体系的目标和企业物流业务分工，规定物流部门的职位、职权和职责，规定它与其他部门的关系、协调原则和方法，建立责任制度及指令和反馈信息的渠道和程序。对物流系统组织结构进行设计，除了按照一般组织设计的逻辑和规范外，还必须结合企业的实际情况考虑以下因素：
1．企业类型
物流运营组织所体现的特点因企业的所属类型不同而有所侧重。对制造企业来说，物流组织的管理重点一般侧重生产物流和运输，因此，必须建立正式的物流组织和流程来与之呼应。而对于销售企业，其业务主要集中在营销活动和销售物流活动上，因此，可以采用更为灵活的管理组织与之呼应。
2．企业的经营战略
在组织设计时应充分关注影响服务水平和物流成本的经营活动，对采购、生产、库存、运输和订单处理等活动进行集中统一管理。
3．企业规模
大规模的企业具有较为复杂的管理组织结构和相对较多的管理层次，物流运营组织体系也应体现更高程度的专业化以及横向、纵向的管理分化；小企业由于不具备专业化的物流管理机构，而倾向于采取定向不明确的集中组织管理机构。
4．企业环境的动态变化因素
企业在对物流系统组织体系进行设计的过程中，还应充分考虑到环境的变化趋势。市场环境的变化直接影响企业未来的生产战略、市场战略、联盟战略等。
总之，在设计物流运营组织中，必须从实际情况出发，综合考虑企业规模、技术、信息手段等因素。
