物流运作管理系统是社会经济系统的一部分，其目标是获得宏观和微观经济效益。
物流的宏观经济效益是指一个物流运作管理系统作为一个子系统，对整个社会流通及国民经济效益的影响。物流运作管理系统是社会经济系统中的一部分，如果一个物流运作管理系统的建立，破坏了母系统的功能及效益，那么，这一物流运作管理系统尽管功能理想，但也是不成功的。物流运作管理系统不但对宏观的经济效益产生作用，而且还会对社会其他方面产生影响，例如物流设施的建设会给周边的环境带来影响。
物流运作管理系统的微观经济效益是指该系统本身在运行活动中所获得的企业效益。其直接表现形式是这一物流运作管理系统通过组织“物”的流动，实现本身所耗与所得之比。系统基本稳定运行后，主要表现在企业通过物流活动所获得的利润，或物流运作管理系统为其他系统所提供的服务上。
建立和运行物流运作管理系统时，要以两个效益为目的。具体来讲，物流运作管理系统要实现以下5个目标，即“5s”目标。
(1)服务(service)。物流运作系统是“桥粱、纽带”作用的流通系统的一部分，它具体地联结着生产与再生产、生产与消费，因此要求有很强的服务性。物流系统采取进货、配送等形式，就是其服务性的体现。物流运作系统的本质要以用户为中心，树立用户第一的观念。其利润的本质是“让渡”性的，不一定是以“利润为中心”的系统。在技术方面，近年来出现的“准时供货方式”(jit)、“柔性供货方式”等，也是其服务性的表现。
(2)快速、及时(speed)。及时性是服务性的延伸，既是用户的要求，也是社会发展进步的要求。随着社会大生产的发展，对物流快速、及时性的要求更加强烈。在物流领域采用直达运输、国际多式联运、qr快速反应系统等管理和技术，就是这一目标的体现。
(3)低成本(saving)。在物流领域中除流通时间的节约外，由于流通过程消耗大而又基本不增加或不提高商品的使用价值，所以依靠节约来降低投入，是提高相对产出的重要手段。在物流领域里推行的集约化经营方式，提高物流的能力，采取各种节约、省力、降耗措施，实现降低物流成本的目标。
(4)规模优化(scale optimization)。由于物流运营系统比生产系统的稳定性差，难以形成标准的规模化模式，因而其规模效益不明显。通常是以物流规模作为物流运营系统的目标，依此来追求“规模效益”。在物流领域以分散或集中的方式建立物流运营系统，研究物流集约化的程度，就体现了规模优化这一目标。
(5)库存控制（stock control）。库存控制是及时性的延伸，也是物流运作系统本身的要求，涉及到物流运作系统的效益。物流运作系统是通过本身的库存，起到对千百家生产企业和消费者需求的保证作用，从而创造一个良好的社会外部环境。同时，物流运作系统又是国家进行资源配置的一环，系统的建立必须考虑国家进行资源配置、宏观调控的需要。在物流领域中正确确定库存方式、库存数量、库存结构、库存分布就是这一目标的体现。
要提高物流运作系统化的效果，就要把从生产到消费过程的货物量作为一贯流动的物流量看待，依靠缩短物流路线及物流时间，使物流作业合理化、现代化，从而实现物流运作系统的目标。
