尽管逆向物流能给企业带来经济效益和社会效益，但在具体运作逆向物流业务时，可能会遇到以下问题：
（一）风险逐级放大效应加大
逆向物流虽然能使下游客户减少或规避经营风险，但由于采取宽松的回收策略而加大了自身的风险，即风险由下游往上游转移。另外，供应链也存在需求信息逐级放大效应，即“长鞭”效应，致使上游所获信息严重失真。上述两方面因素共同作用，导致供应链的风险逐级放大效应更加明显。结局这一问题可采取如下方法：一是削弱“长鞭”效应。主要方法包括信息共享、压缩提前期、多批次小批量配送、延迟化策略、零部件标准化等；二是建立契约式合作的战略伙伴关系。供需双方通过共享契约确定逆向物流成本（包括风险所带来的损失）及收益分配比例，实现风险共担，利益共享。
（二）经济利益与环境效益的矛盾
由于环保法规的约束，企业必须通过产品回收来减少产品对环境的危害，并达到国家的环保标准。然而，产品回收却不一定能带来经济利益，甚至造成亏损。为了解决这一矛盾，可以采取政府或行业协会补贴的方式促使企业运作逆向物流业务，如美国、荷兰等国都采取这种方式。
（三）回收品业务与常规品业务相冲突
回收品业务流程包括逆向物流和顺向物流的部分，其中顺向物流部分与常规品业务流程重叠。在紧急的情况下，这两种业务在加工、库存、配送等环节都可能会相互冲突，企业为了确保常规品业务正常运作，不得不放弃回收品业务。为此，许多企业采取两种产品业务流程分离的办法，以提高回收品业务的运作效率。
除此之外，运作逆向物流业务对企业的生产能力、物流技术、信息技术、人员素质、组织结构等方面提出了更高的要求，且需要企业投入大量的人力、物力、财力。因此，企业实施逆向物流战略时必须慎重，绝不能草率行事。在决策时，企业应对产品回收的成本、经济效益、环境效益作周密的分析论证，同时要考虑到实施过程中可能存在的问题。另外，逆向物流业务是由供应链上各企业共同运作的，因而企业要与供应链上其它企业充分协商，并结合整个供应链的业务能力集体做出决策。总之，在实施逆向物流战略时，只有做到科学决策、周密计划、精心组织，企业才有可能实现其预期的战略目标。
