第三方物流服务合同是处于平等法律地位的物流服务商与用户方双方的民事法律行为，只有在双方意思表示一致时才能成立。
与其他合同一样，第三方物流服务合同是双方的协议。其订立过程是双方协商的过程。物流服务商为了揽取相关服务项目，要对自己的企业（包括办事机构地点等）、经营范围（包括运输线路，交接货物的地域范围，运价，运输能力，相关设施的配备，双方的责任、权利、义务等）做广告宣传，并用运价表、提单条款等形式公开说明。
在涉及单一物流服务形式时，一般由服务商主动联系用户，并签订相关合同。如果涉及综合物流服务，包括仓储、运输甚至多式联运时，则经过对比、权衡后，用户方或其代理人向经营物流服务的公司或其营业所、代理机构提出物流服务申请<或填写订舱单），说明货物的品种、数量、起运地、目的地、运输期限要求等相关服务内容，物流服务商根据申请的内容，并结合自己的营运路线、所能使用的运输工具及其班期等情况，决定是否接受委托。如果认为可以接受，则在双方商定费率及费用支付形式，货物交接方式、形态、时间，集装箱提取地点、时间等情况后，由物流服务商再交给用户方，以证明接受委托。这时物流服务合同即告成立，用户方与服务商的合同关系确定并开始执行。由于合同涉及的环节多、时间长、要求复杂，所以，企业在签订合同时应注意以下几方面的问题：
1．所签合同要合理
合同中要考虑双方的利益，达到双赢的目标，这一点很重要。如果只考虑一方赚钱而使另一方无利可图，这样的合同即使签下来，履约中也会出现各种问题。实践证明，如果双方的理念一致，所签合同的目标相同，履约中一般就不会产生什么问题，即使有问题也较容易解决。
2．所签合同要完善
第三方物流企业与客户签订合同是一个非常复杂的过程。任何一方如在签约前考虑不周或者准备不足，都有可能在未来执行合同时出现问题。此外合同的执行标准及衡量标准，是客户与第三方物流企业在签约时首先应协商解决的问题，但在实践中，大量的合同根本未对此作出规定，导致双方在执行合同或对所提供的服务方面产生争议。
3．服务范围要明确
许多第三方物流企业往往忽视服务范围的重要性。第三方物流企业与客户第一次合作签订合同时，一定要对“服务范围”作明确的界定，包括如何为客户提供长期的物流服务、服务的具体内容、服务到何种程度及服务的期限，总之要对服务范围有一些具体的规定。否则，第三方物流企业对要干什么都不清楚，而客户也不清楚支付的是什么服务费用。服务范围应详细描述有关货物的物理特征，所有装卸、搬运和运输要求、运输方式、信息流和物流过程中的每一个细节。
4．不要误导客户
第三方物流企业不要为了争取客户而使其产生误解，将物流服务视为灵丹妙药，认为第三方物流企业可将客户所有的毛病都连根治愈。应让客户认识到，没有一个物流方案能十全十美地解决企业的全部问题；即使要解决某一方面的问题，也需要详尽的策划、充足的时间，以及付诸实施这样一个过程，最终才能见效。
5．避免操之过急
许多企业在尚未做好任何准备的情况下，就去寻求第三方物流企业的帮助，并对第三方物流企业寄予过高的期望，匆匆签约。或许这些企业有太多的迫在眉睫需要解决的问题，但这样做往往带来忙中必然出错的后果。
6．合同要具有可行性
对于专业性较强的企业，签约前应向有关专家咨询，甚至请他们参与谈判，分析企业生产和管理的特殊性、特殊要求及特别需要注意的问题，避免留下难以弥补的后患。对于第三方物流企业经过努力仍无法做到的方面，千万不要轻易承诺。
7．必须考虑经济性
第三方物流企业接受和签订的协议影响最终能产生效益的项目，而适当水平的物流成本开支必然与所期望的服务表现有关。要取得物流企业的领导地位，关键是要掌握使自己的能力与关键客户的期望和需求相匹配的艺术，对客户的承诺是形成物流战略的核心。一个完善战略的形成，需要具有对欲实现所选方案的服务水平所需成本的估算能力。
8．条款要有可塑性
第三方物流企业在签订协议时，要掌握好一种尺度，即达到何种水平。比较好的尺度是将合同拟订在中间性的、可改进的程度上，而非最终方案的程度上，以便为今后几年留出调整、改进的余地。合同条款要订好，要有保护措施，不要轻易订立那种没有除外责任、没有责任限制的条款，否则将收取很少的费用而承担无限的责任；不要轻易承担严格责任制条款，而要争取过失责任制条款。
