１．企业所属类型因素
不同类型的企业，物流管理的侧重点不同，物流管理组织的结构设计也相应各有特点。如原材料生产型的企业，它们是其他企业原材料的供应者，其产品种类虽一般较少，但通常却是大批量装卸和运输。因此，一般要成立正式的物流管理部门与之适应。
２．企业的战略因素
企业组织是帮助企业管理者实现管理目标的手段。因为目标产生于组织的总战略，因此组织的设计应该与企业的战略紧密配合，特别是组织结构应当服从企业战略。如果一个企业的战略发生了重大调整，毫无疑问，组织的结构就需要做相应的变动以适应和支持新的战略。
３．企业的规模因素
企业规模的大小对企业的组织结构有明显的影响作用。例如，对于规模大的企业，目前流行一种新形式的组织设计，把组织设计的侧重点放到顾客需要或工作过程方面，用跨职能的项目小组取代僵硬的部门设置，在提高效率方面发挥了作用。
４．企业的技术因素
以追求利润为目标的企业（特别是生产制造企业），都需要采取一定的技术，将投入转换为产出。进行组织设计时不可忽视技术对组织结构提出的要求。越是常规的技术，结构就越应该标准化，即采用机械式的组织结构；越是非常规的技术，结构就越应该是有机式的。
５．企业环境的因素
企业环境是组织结构设计的一个主要影响因素。从本质上说，较稳定的企业环境，采用机械式组织更为有效；而动态的、不确定的环境，则采用有机式组织更佳。由于现今企业面临的竞争压力增大，企业环境也不似从前稳定，故企业物流组织应该能够对环境的变化做出有益于企业运行的反应，设计要充分体现出“柔性”特征。
总之，企业物流管理组织设计一定要从企业的实际出发，综合考虑企业的规模、产权制度、生产经营特点、企业组织形态及实际管理水平等多种因素，以建立最适宜的组织。物流管理组织的调整，要适应企业经营方式变革和企业内部管理向集约化转换的需要。
