1、农业物流的相关理论研究严重滞后
由于农业生产的地域性，以及生产的季节性与常年性消费需求之间的对立，造成了中国农产品供需的时空矛盾，解决这个矛盾的基本途径就是发展中国现代农业物流。农产品物流只有做到农产品保值，才能实现农产品的价值与使用价值，进而才可能使农产品在物流过程中增值。
在中国的农业发展过程中，“重生产、轻流通”思想意识的影响广泛，而对农业生产资料、农产品流通和物流配送等相关产业的协同发展作用认识不足，更没有形成农业物流完整的行业体系框架。农业物流作为农业产业发展的重要组成部分，对农业物流理论探讨的严重匮乏。降低农产品生产与流通的成本，引导农业生产资料的生产与配置，提高中国农业的整体产业效益，需要有现代农业物流理论指导。中国农业流通和物流的相关理论研究，在中国农业现代化发展过程中地位，没有受到应有的重视。
2、农业物流的基础投入不足
一直以来，我们在农业生产环节的增产上全力以赴，但物流保鲜技术、物流加工和冷链建设等后续物流环节的基础投入明显不足。对比中美两国的农业投资结构：
由此可见，中国薄弱的农业物流现状和过去数量型农业生产投资结构密切相关，农业物流在基础投入方面的长期欠帐使得高额物流损耗一时难以根本扭转。以果蔬产品为例，据有关数据统计，我国每年越有8000万吨果蔬腐烂，损失总值近 800亿元。损失率为25%～30%，可以满足2亿人口的基本营养需求。这与发达国家5%以下的果蔬损失率相比，差距很大。
另一方面，2003年投资高速增长带动了装备工业的快速发展，其中农副产品加工专用设备制造利润增长2倍。从2003年1-11月份经济运行情况来看，农副产品加工业实现利润134.9亿元，同比增长37.1%；食品制造业实现利润96.6亿元，同比增长37.7%，其中，液体乳及乳制品制造业利润增长52%。从分行业固定资产投资情况分析，农副食品加工业固定资产投资形势良好，农副食品加工业完成固定资产投资占全国食品工业固定资产投资比重39.30%，行业新增固定资产占全国食品行业比重38.34%，固定资产投资项目数量和规模在食品各中类行业中比重最大，反映出国家宏观调控政策的成效，加大了农产品转化力度。
3、农业物流信息体系不健全
农业物流流体的流向和流程，以及由此而产生的效率和效益是与农业物流的信息体系密切相关。农业物流信息体系既包括农业市场信息，也包括农业物流的资源信息，而现在农业信息系统和农业物流信息体统所能提供信息品种和质量都不能满足需要，缺乏有效的信息导向，农资和农产品物流的流向带有盲目性，流程不合理，这是导致在途损失严重，影响流体保值增值的重要原因。
2003年菜价上涨，谁能告诉农民明年种什么？明年蔬菜种植面积会不会大幅度增加，从而引起菜价再次下跌？长期以来，农民对市场供求信息的获取渠道单一，手段缺乏，滞后失真现象严重，赶不上市场变化，要改变这种状况迫切需要建立完善的信息采集、加工整理和发布体系。
4、农业物流成本偏高
目前中国的农业物流成本比较高，而且不稳定，其中有物流利润和运输成本因素，但更多的是物流环境的影响，由于路况不良的时间成本，交通秩序中不当现象无形中增加的物流成本（例如设卡收费等）。随着物流业的发展，基础农业物流利润下降，而在途损耗和不合理物流环境成本显得十分突出。
多数长途贩运的农产品是以初级形态为主，农产品物流结构中，低附加值产品居多，以农产品的主要物流形式公路运输为例，对于农产品和工业品的收费标准相同，但两者价值和利润却相差悬殊，这就是业内呼吁建立农产品物流 “绿色通道”的原因所在。500毫升蒙牛奶的超市售价2.8元/包，其中运费要占10%，更不要说低值低毛利的初级农产品了。
