首先，发货人面临着巨大的应收款风险。如果联运货物在转运港或者启运站装上火车发送时，货物的买卖双方还没有完成货款的结算，发货人将没有任何凭证用以控制在途货物的货权，面临无法预测和控制的应收款风险。货物到达目的站以后，收货人可以自行办理提货手续，如果在拿到货物后不按时向发货人支付货款，发货人将面对十分被动的局面。事实上中国出口商在这方面遭受损失的案例已经很多，赖帐的收货人会采用种种办法拖延，为了避免被发货人追讨货款，有些企业甚至采取注销原有公司的办法，让发货人举手无措，欲哭无泪。
其次，铁路联运的货运代理人，无法实现费用到付，也面临应收款风险。与国际货物贸易所伴生的国际货物运输，货运代理人一般都会由收货人指定。也就是说，货运代理人与收货人签署货运代理合同，发货人或者出口商只需根据销售合同将货物按时在规定地点，将货物移交给收货人指定的某家货运代理公司，就等于完成了合同交付义务。如果联运货物的最后一程运输使用铁路，那么该货代将会面临要么要求客户在货物上铁路以前支付运费，要么等货物发车后向收货人催款的处境。同样，由于货物到达目的站以后，货运代理人无法对收货人自行提货的过程进行任何控制和干预，一旦收货人拒付运费和服务费，货运代理人将极其被动。
再次，阻碍了银行等机构围绕铁路联运货物提供押汇、担保和托收等金融和中介服务。众所周知，海运和多式联运提单由于其本身代表货权，出口商可以用提单向银行提供抵押，申请L/C（信用证）议付和跟单托收等，国际贸易中相互缺乏信任的买卖双方一方面可以通过银行服务改善各自的资金流，也可以通过银行和其他可信的中介机构的参与来极大降低商业风险。但是铁路运单用来附货的流转形式，使得银行等机构无法围绕铁路联运货物，开发合理的金融和信用工具，提供以上各形式的服务。
最后，不利于保护商业机密，贴牌生产和转手贸易在国际贸易中一直占有相当大的比例，贴牌生产的委托方和转手贸易中的中间商，在绝大多数情况下不会将产品先从生产商运到自己仓库里然后再转运给下游客户，而经常是安排货运代理人直接从生产商提货，从启运地直接发送到最终收货人指定的目的地，以到达节约物流成本和简化手续的目的。在货物使用铁路联运运输出口的情况下，虽然OEM加工的委托方和中间商可以指定货运代理在办理货物托运时按照自己的指示填写运单资料，但是由于铁路运单目前也是生产企业出口退税的重要凭据之一，运单上的收货人资料会不可避免地落入生产企业之手。客户资料是OEM委托方和中间商的高度商业机密，出于使用铁路联运会造成客户资料泄漏的顾虑，OEM委托方和中间商可能放弃使用铁路联运而采用其他运输方式来完成货物运输，不利于客户积极使用铁路联运来节约物流成本，也降低了贸易的执行效率。
由此可见，铁路运单功能和形式上的不足，给众多的相关当事人造成了不便，也带来了极大风险，客观上已经成为制约我国和亚欧大陆各国之间，以及其他世界各国与亚欧大陆国家之间，使用铁路通道顺利进行货物贸易的障碍，成为急待解决的问题。国际铁路组织成员国为铁路联运量身定制合乎现代贸易发展形势需要，并方便可行的运单流转和使用规则，已成当务之急。一套为各国广泛接受，完整严密又能保留货权凭证可流通性质的通行规则，既能对当事人权力提供有效保障，也是银行和其他机构（如保理、进出口保险公司等）共同参与，为铁路联运相关方提供完善服务，促进亚欧大陆桥各国贸易来往和经济发展的先决条件。
但是，国际铁路联运涉及各国的铁路、海关、联运经营人、货代等众多关系方，要协同如此多不同国家的部门和行业一起来着手解决这个问题，难度很大。目前主要问题，还是由于信用体系不够完善的周边国家的官方对此事的态度不够积极。
