1.观念上的差距
一方面，中国领导和政府的观念仍未转变，绿色物流的思想还没确立。部分政府领导对物流的推进尚且放任自流，更何况面向的是更进一步的绿色物流?仅有物流的思想而没有绿色化的概念，还缺乏发展的前瞻性，与时代的步伐存在差距。另一方面，经营者和消费者对域外物流绿色经营消费理念仍非常淡薄，绿色物流的思想几乎为零。经营者展现给我们的是绿色产品、绿色标志、绿色营销和绿色服务，消费者追求的是绿色消费、绿色享用和绿色保障，而其中的绿色通道——物流环节，谁也未有足够的重视和关心。因此在发展物流的同时，要尽快提高认识，更新思想，把绿色物流作为世界全方位绿色革命的重要组成部分，确认和面向绿色物流的未来。
2.政策性的差距
绿色物流是当今经济可持续发展的一个重要组成部分，它对社会经济的不断发展和人类生活质量的不断提高具有重要的意义。构筑绿色物流建立与发展的框架，做好绿色物流的政策性建设。一些发达国家的政府在绿色物流的政策性引导上，制订了诸如控制污染发生源，限制交通量和控制交通流的相关政策和法规，而且还从物流业发展的合理布局上为物流的绿色化铺平道路。如日本在1966年就制订了《流通业务城市街道整备法》，以提高大城市的流通机能，增强城市物流的绿色化功能。尽管我国自20世纪90年代以来，也一直在致力于环境污染方面的政策和法规的制订和颁布，但针对物流行业的还不是很多。另外，由于物流涉及的有关行业、部门、系统过多，而这些部门又都自成体系，独立运作，各做各的规划，各搞各的设计，各建各的物流基地或中心，导致物流行业的无序发展，造成资源配置的巨大浪费，也为以后物流运作上的环保问题增加了过多的负担。因此，打破地区、部门和行业的局限，按照大流通、绿色化的思路来进行全国的物流规划整体设计，是我国发展物流在政策性问题上必须正视的大事情。
3.技术上的差距
绿色物流的关键所在，不仅依赖物流绿色思想的建立，物流政策的制订和遵循，更离不开绿色技术的掌握和应用。而我们的物流技术和绿色要求有较大的差距。如中国的物流业还没有什么规模，基本上是各自为政，没有很好的规划，存在物流行业内部的无序发展和无序竞争状态，对环保造成很大的压力;在机械化方面，物流机械化的程度和先进性与绿色物流要求还有距离;物流材料的使用上，与绿色物流倡导的可重用性、可降解性也存在巨大的差距;另外，在物流的自动化、信息化和网络化环节上，绿色物流更是无从谈起。
4.利益分配上存在问题
绿色物流包含的范围非常广，几乎涉及到供应链上的所有成员。如何在供应链的各个环节以及各个环节内的各个主体之间分配利益，存在很多现实的问题。具体来说，由于私人收益(成本)与社会收益(成本)的不一致，使得供应链内成员的个体目标与供应链的整体目标存在冲突。从传统制造模式来看，其私人收益往往高于社会收益，而其私人成本要低于社会成本，同时现有的有关法律允许这种成本外部化存在，比如体现在排污费的收取上，现有的排污费标准远低于污染的治理费用，因此，制造商往往选择了直接交纳排污费的方式而不是治理其污染的方式，从而使成本外化。绿色制造的收益外化与传统制造模式的成本外化使得绿色物流模式下的供应链成员个体目标与整体目标存在冲突，往往不能使与环境相容的原则在各成员间得到遵循。
