1．年审
海关对专业报关企业实行年审制度。其年审时间为每年的1月1日至4月30日。办理注册登记不满1年的，当年度可不参加年审。
已取得异地报关备案资格的，要凭报关注册海关的年审合格记录到备案海关办理年审。
海关对专业报关企业的年审，主要有以下几个方面：第一是企业遵守海关法规的情况，有无走私、偷漏税行为；第二是报关员工作质量水平，有无重大差错，以及差错的数量和性质；第三是报关业务量的大小，与企业开办时提交可行性报告的分析有何差别，有哪些原因；第四是注册资金是否到位，是否被抽调挪用；第五是企业对报关员和报关业务的组织管理是否规范，存在哪些问题。通过对企业的年审，对发现的问题应予指出，限期改进。对年审不合格的，要通知企业停业整顿，问题严重的要取消报关资格。
2．变更登记
专业报关企业如有变更名称、法人代表、报关员、地址、企业性质或经营范围、注册资金及其他已在海关注册登记内容的，均应事先以书面形式报请报关注册海关核准，并办理变更登记手续。
