专业报关企业的代理报关、纳税行为是一种行政法律性质的行为，其代理活动必然产生一定的法律后果，直接影响海关对进出口货物进行监管以及征收税费等行政执法行为的发生和进行。因此，专业报关企业以其报关活动，直接与海关发生联系而产生了相应的权利和义务，并且以其独立法人的地位承担报关活动中产生的一切法律责任。
专业报关企业在报关活动中的法律责任，根据其行为的性质和轻重，可以分为以下几种情况：
(1)专业报关企业在办理报关纳税等事宜中，发生走私、偷逃税款等违反海关法行为的，由海关按照《中华人民共和国海关法》和《中华人民共和国海关法行政处罚实施细则》的规定处理，并取消其报关资格。企业负责人、报关部门主管人员及发生违法行为的报关员在一定期限内不得再从事报关工作。
(2)如果专业报关企业受委托人的欺骗，向海关报关时发生伪报、瞒报行为的，由海关按照法律的规定追究报关企业的经济责任。报关企业与委托人之间的经济纠纷由双方自行诉诸法律解决。法律规定的刑事责任，由司法部门对犯走私罪的直接责任人进行追究。如果专业报关企业违反国家法律，被工商行政管理机关吊销营业执照的，由海关取消其报关资格。；
(3)专业报关企业如有下列情事之一，由所在地海关暂停其6个月以内报关权：
①违反《海关法》和其他有关法规，但不构成走私行为的；
②对报关员管理不严，多人次被取消报关员资格的；
③拖欠税款和不能履行纳税义务的；
④经海关年审不合格或未经海关同意不参加年审的；
⑤违反海关规定，有变更未核准，停业未备案，出借其名义或借用他人名义报关纳税，未建立账册和经营记录，未完整保留有关单证、票据、函电，不接受海关稽查等情事的。
