航道养护费的种类是按照一定的标准，对航道养护费按相同特征的划分、归类。社会船舶种类繁多，运输航区也不一致。要对不同运输类型的船舶规定相应的征费标准，就必须对船舶进行严格的分类，使不同类型的船舶及航行的不同区域有不同的征费标准，而同一类型的船舶只能执行一个征费标准。只有这样，航道养护费法规才具有严密性，避免因分类不科学而导致征费标准的混乱。根据不同的标准可进行不同的分类：
(一)按航行区域分类
1．国家航道养护费；2．各省、自治区、直辖市所辖航道的航道养护费(不含长江、黑龙江干线的)；3．长江干线航道养护费；4．长江口、珠江口航道养护费。
(二)按征收方式分类
1．按月度征收的航道养护费
月度征收，是指船舶单位按月在规定时间向航道养护费征稽管理机构缴纳航道养护费的方式。月度征收是目前各航道养护费征稽管理机构普遍采用的一种方式。根据船舶单位的具体情况，也可以按季度或年度征收，还可以采取协议征收。月度征收、季度征收、年度征收及协议征收等方式都称为统缴。
一般来说，采取月度征收的船舶单位，应具备下列条件：(1)在财务上是独立的核算单位；(2)航道养护费征收依据明确。营业性运输单位，应有反映运输收入的报表；非营业性运输单位，应有拥有船舶的艘数、功率、载重吨和使用情况的记载。
2．按航次征收的航道养护费
航次征收，是指征稽管理机构对单船从起运港到迄止港一个航次征收一次航道养护费的方式。这种方式也是目前大部分地区广泛采用的方式。它通常是由起运港的征稽管理机构按该航次的运输收入，根据交通部或起运港所在省、自治区、直辖市规定的征费标准计征。征稽管理机构收到航道养护费后，发给该航次的单船航道养护费缴讫征。
3．按委托代征方式的航道养护费
委托代征，是指航道养护费征稽管理机构委托其他机构代理征收航道养护费业务的一种方式。采用这种方式征收航道养护费的有两种情况：一是按国家规定办理；二是有的航道养护费征稽管理机构认为对某一类船舶征收航道养护费有一定困难，需要委托其他机构征收。
(三)按船舶运营方式分类
1．营业性运输船舶的航道养护费
按其运费收入的8％计征航道养护费；个别省、自治区、直辖市航道自然条件较差，养护工作繁重，确需提高费率的，须经交通部、国家物价局、财政部审核后，联合报请国务院批准。
对难以准确反映运费和水上作业收入的船舶，按其总吨或载重吨、客位和千瓦，比照营业性运输船舶的航道养护费的费率标准择大者计征。
2．非营业性运输船舶的航道养护费
按其总吨或载重吨、客位、千瓦，比照营业性运输船舶的航道养护费费率标准择大者计征。如其加入营业性运输时，按前款规定计征。
3．竹木排筏、浮运物体的航道养护费按立方米(吨)公里，比照营业性运输船舶的航道养护费费率标准计征。
4．外国籍和港澳台籍船舶的航道养护费，比照国内船舶相同人民币收费标准计征外币，汇率按当日中国人民银行公布的标准执行。
