企业进行物流共同化时，就如同企业改造般，如果顺畅则可藉此获利，若无好的规划与执行，易遭受抗拒或破坏而无法达到共同化的预期成效。下面分成三个层面来探讨物流共同化所面临的问题：
1、以经营者的角度来看
1）在导入共同配送的过程中，因暂时需投入大量资金，造成短时间物流成本成本增加，影响企业营运绩效。
2）在共同化之下，企业间需相互合作，即所谓伙伴关系，但因有其利害关系，双方皆会顾忌、害怕客户信息外流，使业务流失。
3）客户的配送并非由企业本身来执行，因而减少与客户间的接触，是否会因此影响其服务质量。
4）与共同化的成员间是否能明定彼此间的权利、义务关系。
2、以管理部门来看
1）执行物流共同化之后，是否会影响配送时效、质量等服务？比未实施之前来得好？
2）共同化成员是否真正合理、公平来分配、享受物流系统资源？如：订单处理顺序、储位位置。
3）要如何针对货物其损坏、遗失之物流损耗做一合理的分摊计算？其责任划分为何？
3、由总体方向来看
1）虽共同化可减少输配送、人事方面支出，如果只片面实行共同化作业，不但不能达到预设的效率，还会导致经营者畏惧此流通变革。
2）在专业物流中心成立后，企业将货品的配送、仓储交由专属机构管理，会产生比企业本身经营物流体系更多的沟通不良。
3）企业签订合约实行共同化，一旦有任何环节产生疏漏，易造成无人愿意承担责任，往往形成物流机能不易掌握导致失控。
