区域商贸物流的运作模式是指在已经形成的区域商品交易市场背景下，将市场交易服务与仓储、运输、配送等活动相结合的一种物流运作模式，在这种模式下，特别强调商流与物流服务的一致性以及信息服务的及时性。由于区域交易市场的物流业务非常集中，因此对现代商贸物流的服务水平要求也比较高，从物流运作的基本模式来看，主要有以下两种模式：
(一)基于区域集群的区域商贸物流模式
区域集群又称产业聚集或企业集群，是指在产业的发展过程中，处在一个特定领域内相关的企业或机构，由于相互之间的共性和互补性等特征而紧密联系在一起，形成一组在地理上集中的相互联系、相互支撑的产业群。区域集群代表了当今一种特定产业的区域化发展潮流，由于这些产业基本上处在同一条产业链上，彼此之间是一种既竞争又合作的关系。基于产业聚集区的区域商贸物流模式以区域内聚集的产业组织为主要服务对象，以集运、多式联运等物流活动为主，为各产业组织的物流活动提供区域性物流服务，这种物流模式要求物流组织建立具有覆盖整个区域内外的完善的物流网络，以专业化、定制化的物流服务来满足客户的物流服务要求，因此，物流活动方式呈现多样化的特点。
(二)基于区域交易市场的商贸型物流模式
区域交易市场主要指专业的实物商品交易市场，一般都具有比较大的规模，比如大型的农产品、建材产品、汽车、商贸百货、医药等交易市场。区域交易市场的交易量大、物流活动集中且频繁，对物流的需求较大。基于区域交易市场的商贸型物流模式是在已经形成的区域商品交易市场背景中，将市场交易服务与仓储、运输、物品配送等活动相结合的一种商贸物流模式，在这种物流模式下，物流服务品种多样化、批量小、批次多，由于商品的特性导致了较大的需求不确定性，因而主要强调仓储和配送功能，建立电子商务交易平台，十分注重物流系统的柔性。
