公用型保税仓库和自用型保税仓库的主要区别在于：
1、所存存货物的供给对象不同。前者面向全社会提供公共保税仓储物流服务，后者存储的货物仅供本企业自用。
2、功能不同。前者可以对所存货物开展包装、打膜、印刷唛码、分拆、分级、分类、拼装等流通性简单加工和增值服务，后者主要是为特定加工贸易企业供应生产自用的生产性物料、零配件等，不能开展简单加工服务。
3、面积标准不同。公用型的最低面积为2000平方米，自用型的对面积不设最低门槛。
4、经营主体经营范围的要求不同。公用型保税仓库必须具有工商行政管理部门核准的仓储经营权，自用型的经济主体无须具有仓储经营权。
5、经营主体的性质不同。前者对经营主体的性质不作特别要求，可以是外贸企业、物流企业或生产型企业等，但后者的经营主体只能是加工贸易企业。
