客户对象
自理报关是从事处理企业本身的报关业务的，因而报关业务的客户(服务对象)固定，报关员只从事本身企业的报关业务。而报关行报关员则是面对广大有报关需求的企业，服务客户面广。
业务范围
自理报关业务只从事与本企业有关的报关业务，企业的业务范围决定了企业报关员的报关业务范围。受企业的业务限制，从事企业报关的报关员一般只需懂得有关本企业的报关业务就可以了。而报关行报关员由于面对的是所有企业的报关业务，因此，报关的业务各种各样，有机会接触较全面的报关业务。
收入来源
自理报关的企业报关员一般拿企业的工资，多属于固定工资方式，某时期业务量的多与少与工资没有联系。而报关行报关员一般是按报关量的提成计算工资的，薪水与报关业务量直接关系。
