电子商务是以互联网络为基础构架的，网络安全是实现电子商务发展的保障。目前，互联网技术在全球飞速发展并被广泛应用，企业的电子商务信息系统中保存着大量的有关企业商业机密，关系到企业的生存和发展，同时，电子商务安全也关系到公民隐私权的保护。但现如今网络安全面临的问题日益突出，全世界因信息系统受到攻击而导致的经济损失逐年上升。互联网的相对比较开放性及网上运行的设备和软件存在不可避免的安全漏洞，使得不法之徒可以利用可能存在的安全漏洞窃取信息，删改网络系统文件，破坏数据，甚至导致系统崩溃。在我国，互联网的安全状况更是令人担忧，有关调查显示，国内90%以上的电子商务站点存在严重的安全漏洞，大多数企业内部网络存在安全隐患。这让在运用电子商务进行交易环节的各个相关企业以及最终消费主体承受很大交易安全风险。
1.系统安全漏洞
电子商务的构建主要是以系统的软硬件为基础，所以，网络故障、操作错误、应用程序错误、硬件故障、系统软件错误以及计算机病毒都可以使系统不能正常工作。
2.信息数据泄露
随着互联网和计算机技术的高速发展，一个电子商务系统中，可能存在多个操作系统，拥有多种型号的电脑设备，使用不同的传输介质，这些都有可能因为兼容性而导致电子商务系统中的数据丢失。在电子商务中表现为商业机密的泄漏，主要包括两个方面：交易双方进行交易的内容被第三方窃取；交易一方提供给另一方使用的文件被第三方非法使用。
3.数据的篡改
电子商务的安全性关系到贸易双方的商业交易，确定交易方是真正的贸易方，是保证电子商务顺利进行的关键。中国电子商务起步晚，安全措施还不完善，网络攻击者可依靠各种技术和手段对传输的信息进行中途的篡改、删除或插入，破坏信息的完整性，真实性，使电子商务交易风险上升。企业在电子商务活动中产生的大量数据是企业能连续性经营的重要保证,这包括庞大的产品数据资料、客户关系管理等数据群。如果网络黑客对企业数据库进行攻击,可能窃取到企业数据库的访问权、管理权,从而企业数据,甚至篡改或删除这些企业的重要数据。同时，对于购买者来说，交易数据被恶意更改，可能造成个人信息丢失，被他人利用，造成经济损失。
4.黑客及病毒问题
随着各种应用工具的传播，黑客已经大众化，各种新型病毒及其变种迅速增加，互联网的出现尤为病毒的传播提供了最好的媒介。由于黑客和病毒的攻击以及计算机硬件的人为破坏，使得在一定时间内网络系统或服务器服务系统的作用完全失效，导致电子商务交易数据丢失，使交易安全受到威胁。
5.身份识别问题
电子交易过程中，第三方有可能假冒交易一方的身份，以破坏交易、破坏被假冒一方的信誉或盗取被假冒一方的交易成果等，进行身份识别后，交易双方就可以防止。
