（一）资金短缺
我国中小外贸企业因为资金相对短缺，在开展电子商务方面投资能力较弱。电子商务系统的建设需要投入大量的资金。建设一个完整的电子商务系统需要企业后端各种应用软件系统的支持，包括电子商务网络平台、电子商务安全体系、电子商务支付系统、电子商务业务操作系统等。电子商务系统建成之后的更新与维护，也需要资金的支持。随着电子商务的进程，资金投入将更加增多。如果企业再规划更进一步信息化、提升竞争力，建设企业内部信息管理，以ＥＲＰ整合企业资源，对资金的需求将更大。我国的中小外贸企业普遍融资能力弱，阻碍了我国中小外贸企业对电子商务各项功能的开发和完善。
（二）信息化基础薄弱
我国中小外贸企业管理水平不高，企业信息化基础薄弱。电子商务要求企业管理程序化、业务流程标准化、基础设施现代化。由于中小外贸企业缺乏电子商务管理人才、现有业务流程的不合理，使得网上业务和网下业务的划分和结合不够。目前我国中小外贸企业管理还处于主观、随意、以经验管理为主的阶段；企业办公自动化、财务管理系统应用、进出口业务系统应用等方面还处于较低水平；产、供、销等业务环节，人、财、物等重要资源大多并未实现电子化；中小外贸企业的经营决策仍然主要依据过往经验，获取信息的速度、广度、精度上都不尽人意，企业信息加工处理手段落后。
（三）缺乏高级电子商务人才
我国中小外贸企业难以吸引高级电子商务人才。我国的电子商务人才储备严重不足，尤其是高级电子商务人才奇缺，严重阻碍我国中小外贸企业电子商务的发展。我国的中小外贸企业由于规模小，实力不强、发展空间小，难以吸引相对紧缺的技术高、能力强的高级电子商务人才。我国中小外贸企业中大部分为私营、民营企业，大多采用家族制管理，这种制度下，一方面是低成本人力资源引进模式难以吸引高级电子商务人才，导致高级电子商务人才 奇缺。二是对外来人员的低信任度是引进高级电子商务人才的严重障碍。因此，在严重缺乏电子商务人才的情况下，是无法推动我国中小外贸企业电子商务的快速发展。
（四）电子商务信用安全
我国中小外贸企业进行电子交易时安全难以保证。在电子商务贸易中，由于地域的广阔、国界的分别、法律适用问题等，使安全风险较国内贸易更高，处理起来更加复杂。加上电子交易本身的不确定性，而且许多骗局和陷阱都纷纷搬到互联网上，我国中小外贸企业将面临更多更大的风险。电子商务安全是我国中小外贸企业必须考虑的重要问题。按范围来分，主要可分为以下两大部分。计算机网络安全。网络的开放性与共享性在方便使用的同时，也使得网络更容易受到攻击，目前信息在互联网上传递，尚有被第三方冒名窃取或变造的可能，特别是敏感的个人及财务重要信息；数据库或网络资源仍有被黑客侵入，而导致数据被破坏、涂改、泄露或滥用的可能性。计算机网络安全还存在各种外界的物理性干扰，比如通信线路较差、地理位置复杂、自然灾害等，都有可能影响到数据的真实性。商务交易安全。在线交易、在线支付虽然方便快捷，节约交易成本，但很多中小外贸企业不会贸然尝试。因为目前在互联网上传送的信息，其确定性并不高。特别由于国际贸易中国界的限制，设置的陷阱和骗局更多借助互联网来掩饰，如存在买方恶意拖欠货款或者卖方不按质、按量发出货物，不能完全履行合同的可能，需要中小外贸企业慎重仔细辨认，否则损失将相当严重。
（五）不健全的电子商务法律体系
对电子合约的保护不足，电子商务立法不成熟。虽然在2005年初，国务院办公厅发布《关于加快电子商务发展的若干意见》。2005年4月，《电子签名法》正式实施，国家发改委随后也出台了一系列电子商务专项政策。但在当今电子商务迅猛发展的形势下，我国对电子商务运用的相关法律保护明显不足，整体社会也缺乏对电子商务平台进行贸易和公共服务的认识。
