电子商务合同主要是双方通过电子形式(email;传真;电话;或者网络电子表格等等)来签订的。电子商务进行的是无纸贸易，其在形式上和法律效果上与传统合同相比有了很大变化，这涉及数字签名、电子发票、电子合同的法律地位和效力问题，必然产生很多问题：首先，电子商务合同双方当事人基本属于不见面，双方都通过网络虚拟平台进行运作，其信用仅仅依靠密码的辨认或认证机构的认证，密码认证的虚拟性和认证机构认证的多样性导致合同的信用体系存在较大疑问，对大额和长期的商务合作开展不利。电子证据具有高科技性、无形性、复合性，易破坏性等特点。从目前来看，电子证据的审查判断包括以下几点：电子证据的来源、收集过程的合法性、电子证据与事实的关系，电子证据的内容以及与其他证据相结合对案件的证明逻辑完备性等。美国各州对电子证据的效力审查纷纷制定单行法加以规范。而在我国，专门的单行的地方立法只有广东省制定的《对外贸易实施电子数据交换暂行规定》。它规定电子数据服务中心保存电子证据、出示电子证据的权利、义务及程序。而其他地区则试图通过对原始单证、凭证等电子记录采取变通的处理办法，来解决电子信息在解决纠纷时的证据效力问题。这虽然为本地电子商务发展扫除障碍，但却不利于我国整体电子商务的发展。
首先，电子发票在我国只是存在理论上的构想，很多电子商务合同特别是小额交易没有发票，这种合同一旦产生问题，纠纷的解决就是个难题。
其次，数字签字代替了传统合同生效的签字盖章方式。数字签名本身的效力产生就存在疑问，并且其存在宜复制性和仿照性，不易辨别性，一旦被复制和仿用，产生的合同纠纷解决就十分复杂。
第三，电子合同和网络虚拟商家的普及，如何界定好生效的地点，这是合同纠纷的约定管辖的重要依据。
第四，自动订单合同的效力问题。依照商家或者客户自动设置的订单系统产生的订单合同到底是否必然生效，由此一方无法供货产生的违约责任由谁来承担等，这些都是现实中存在的。最后，因计算机或者网络发生故障产生的合同的法律效力如何认定。如果因为计算机或网络系统发生故障导致当事人一方的意思表示有瑕疵或者错误，该意思表示的效力如何呢?由此而发生合同关系，该合同的效力如何，最终产生违约责任由谁来承担?
