（1）区域发展不平衡 东南沿海地区发展远优于中西部地区。以2006年全国电子商务交易额区域结构为例，以深圳为代表的华南地区和以北京、天津为代表的华北地区实现了全国50%的交易额。而西部地区占比不到10%。
（2）中小企业电子商务发展仍显滞后 中小企业受到自身管理水平、资金和人才等因素的制约，电子商务发展水平相较于大企业，明显滞后。据统计，只有9%左右的中小企业实施了电子商务。而在大型企业中，通过电子商务进行采购、销售的比例就已分别达到30%和27%。
（3）信用体系建设不完善 电子商务的发展急需出台电子商务合同规范，加强对电子商务合同的监管，以减少或消除在线交易双方的风险，促进信用体系建设。
（4）虚拟市场监管不力 这方面主要出现的问题包括在线产品信息管理、交易服务的监管及消费者权益保护等。
